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pengjun74銀蟲 (初入文壇)
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Ubuntu下安裝lammps單機(jī)版（no MPI，no FFT）幾點(diǎn)心得 已有2人參與
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說明一下：我用的是ubuntu12，自動更新到13（去系統(tǒng)自帶的“軟件中心”安裝谷歌拼音輸入法，方便后面操作）。下載的lammps為2014年5月份的。 1.更改系統(tǒng)默認(rèn)的shell 由于ubuntu系統(tǒng)默認(rèn)的shell是dash，它更小巧、更快。但是聽說安裝一些腳本時(shí)容易出錯(cuò)，因此還是改為bash。 查看系統(tǒng)默認(rèn)的shell， ls -l /bin/sh 重新配置dash, sudo dpkg-reconfigure dash 然后選擇[no]，終端會自己刪除dash，并更改為bash。 2.預(yù)安裝 sudo apt-get install csh sudo apt-get install build-essential lammps要求ubuntu系統(tǒng)的（用于將ubuntu當(dāng)作debain系統(tǒng)？）： sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps sudo apt-get update 3.安裝編譯器 由于電腦CPU是Intel的，所以選擇intel的icc和ifort，聽說會比其他編譯器快很多（主要差別在浮點(diǎn)運(yùn)算？）。下載地址： https://software.intel.com/en-us ... oftware-development，獲得序列號。我下載安裝的是icc2013_sp1.2.144，ifort2013_sp1.2.144版的。 先裝（命令集）， sudo apt-get install g++ 去解壓包的目錄下，我的是cd /home/bill/icc sudo ./install.sh ifort的安裝與此相同。 設(shè)置環(huán)境變量，使之生效。 gedit .bashrc 打開.bashrc后，在末尾加上 # l_ccompxe_2013_sp1.2.144 # l_fcompxe_2013_sp1.2.144 這兩行只是用來注釋的 source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32 加這一條可同時(shí)使icc，ifort，icpc生效，而不用分別添加。因?yàn)閏ompilervars.sh本身就包含了它們的鏈接。 保存，關(guān)閉。 source .bashrc 測試確認(rèn)一下：輸入which icc，再which icpc，which ifort 卸載和安裝前面的步驟相同，只需在安裝菜單中選“卸載”。 4.MPI和FFT 我是用單機(jī)算的，因此沒裝MPI，它是用來不同平臺之間并行計(jì)算的。對于單機(jī)，還有一個(gè)多核并行計(jì)算的問題，即openMP。由于intel的編譯器已包括了它，所以不用專門去安裝。這里也把網(wǎng)上的安裝MPI和FFT的貼過來吧： （1）先去軟件中心下載mpich2，這樣省事。cd mpich2-1.0.2p1（去解壓包的目錄）./configure --prefix= /opt/mpich2-gnu（配置，好像這個(gè)命令是要求要有g(shù)nu的）make（會出來好多選項(xiàng)）再make install（安裝）。 （2）去官網(wǎng)下載，http://www.fftw.org/download.html，解壓后，cd fftw-2.1.5，./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu --enable-float，make，make install。 5.編譯lammps （1）MPI庫：去官網(wǎng)下載安裝包，http://lammps.sandia.gov/download.html#tar，常選“發(fā)展包”。 去lammps/src/STUBS/目錄下，將Makefile中的g++改為icc，保存。該目錄是關(guān)于MPI的。 cd /home/bill/lammps/src/STUBS/ make 生成libmpi_stubs.a，是用于非并行的“偽MPI庫”，還有 mpi.o是整體編譯lammps時(shí)用于鏈接的“中間目標(biāo)文件”。 （2）額外庫：poems是C語言寫的，可用icc來編譯；meam和reax是用fortran語言寫的，可用ifort編譯。 cd /home/bill/lammps/lib/poems make -f Makefile.icc 即開始用icc來編譯poems了。會在lammps/lib/poems目錄下會生成一個(gè)libpoems.a庫文件，用于編譯整個(gè)lammps時(shí)調(diào)用，還有一個(gè)Makefile.lammps，用于引導(dǎo)編譯時(shí)相關(guān)庫的調(diào)用，另外還有若干*.o的“中間目標(biāo)文件”。（舊版的lammps是直接去MAKE下的Makefile.*加路徑，現(xiàn)在則通過各個(gè)“額外包”的Makefile.lammps來改，這樣操作更方便、集中） cd /home/bill/lammps/lib/meam make -f Makefile.ifort 即開始用ifort編譯meam了。會在lammps/lib/meam目錄下生成libmeam.a，Makefile.lammps，*.o。將其Makefile.lammps改為 meam_SYSINC = meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml -liompstubs5 -limf meam_SYSPATH = -L/opt/intel/composerxe/lib/ia32 第二行有四個(gè)庫，-lifcore調(diào)用libifcore.a庫，為ifort編譯器所需；-lsvml 調(diào)用libsvml.a庫，是short vector math library；-liompstubs5（舊版的ifort是-lompstub，若裝的是新版的ifort用它就會出錯(cuò)）調(diào)用libompstub.a庫，它與OMP的一個(gè)子程序相關(guān)，用它（intel編譯器已經(jīng)預(yù)裝了）就不用另外安裝OMP了；-limf調(diào)用libimf.a庫，是一個(gè)數(shù)學(xué)庫。 第三行為安裝的intel編譯器的庫（鏈接*.o時(shí)候用的？）的地址。 reax的安裝與meam的步驟相同。 （3）選擇和修改Makefile文件：編譯之前先去修改負(fù)責(zé)編譯整個(gè)lammps的Makefile文件。lammps/src/目錄下有個(gè)Makefile.sh，用于引導(dǎo)Makefile.*的選擇，這些備選的Makefile文件都在lammps/src/MAKE目錄下。比如在src目錄下輸make linux，則編譯時(shí)將使用Makefile.linux文件來編譯整個(gè)lammps。我只要做串行計(jì)算，因此選擇的是Makefile.serial這個(gè)文件。在用它進(jìn)行編譯之前，先對它作一點(diǎn)修改。1.編譯器部分兩處改為icc。2.如果安裝了MPI和FFT，則要修改MPI和FFT相應(yīng)的部分，比如 MPI_INC = -I/opt/mpich/include -DMPICH_SKIP_MPICXX MPI_PATH = -L/opt/mpich/lib MPI_LIB = -lmpich -lpthread FFT_INC = -I/opt/fftw/include -DFFT_FFTW FFT_PATH = -L/opt/fftw/lib FFT_LIB = -lfftw3f 3.如果要使用JPEG的功能（in文件中有相應(yīng)的輸出JPEG圖片的命令），則要修改相應(yīng)的部分。 修改完后，保存。 （4）整體編譯lammps：該準(zhǔn)備的都準(zhǔn)備好后（主要是庫文件和Makefile文件），就可以開始編譯整個(gè)lammps了。 回到lammps/src/目錄下（其實(shí)前一步也還是在這個(gè)目錄下） cd /home/bill/lammps/src/ 查看各包的選擇狀態(tài)，make package-status 選擇和剔除各包，我選的是 make yes-all，然后 make no-gpu make no-kim make no-mpiio make no-voronoi make no-user-atc make no-user-awpmd make no-user-colvars make no-user-cuda make no-user-lb make no-user-qmmm 總共安裝了22+8=30個(gè)包。其中27個(gè)平常的（user-omp需要openMP，單核并行），3個(gè)額外包（poems，meam和reax）。 剔除了4+6=10個(gè)特殊包。其中g(shù)pu需要cuda（有兩個(gè)cuda需要注意區(qū)分），voronoi需要voro++，user-atc需要blas和lapack庫，user-awpmd需要openMPI（多核并行）。 最后即可開始編譯lammps了， cd /home/bill/lammps/src/ make clean-all make serial 編譯成功后會在該目錄下生成名為lmp_serial.exe（后綴可能看不到）的可執(zhí)行文件�？蓮�(fù)制、剪切、更改名字，復(fù)制到其他地方的同樣可進(jìn)行計(jì)算。 6.用編譯好的lammps來進(jìn)行計(jì)算 將in.*即in文件（可能會帶一個(gè)data.*文件）與lmp_serial.exe放在同一個(gè)目錄下。若用的是lammps/examples里的in文件，則需要先把dump命令前的#去掉，還可以按需要把輸出的步子比如50改為10等。 先去該目錄下， cd /home/bill/Compute 在該目錄下， ./lmp_serial < in.name 即開始計(jì)算了，生成數(shù)據(jù)文件dump.*，包含位置等信息，以及日志log.cite，log.lammps等，記錄命令的運(yùn)行情況。 7.對計(jì)算結(jié)果進(jìn)行可視化 （1）安裝VMD（visual Molecular Dynamics)：預(yù)裝 sudo apt-get install build-essential csh sudo apt-get install csh sudo apt-get install libstdc++5（安裝編譯器也要用到它？） 下載，http://www.ks.uiuc.edu/Developme ... cgi?PackageName=VMD，解壓。 如果要更改安裝位置，則先去目錄/home/bill/vmd-1.9.1/下，找到并修改configure文件， install_bin_dir="/home/bill/lammps-18Apr14/src"（startup script一個(gè)啟動腳本，引導(dǎo)作用） install_library_dir="/home/bill/vmd-1.9.1/bin/$install_name"（executables一個(gè)可執(zhí)行文件，一個(gè)用于實(shí)際運(yùn)行的文件） 如果默認(rèn)安裝路徑/usr/local/bin/vmd（啟動腳本），則上面不用改。 改好后進(jìn)行配置， cd /home/bill/vmd-1.9.1 ./configure （出現(xiàn)幾個(gè)選項(xiàng)，using configure.options: LINUX OPENGL FLTK TK ACTC CUDA IMD LIBSBALL XINERAMA XINPUT LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PTHREADS SILENT ICC） ./configure LINUX（選LINUX） 配置好后，開始安裝， cd src（或者cd /home/bill/vmd-1.9.1/src） sudo make install 試試 vmd 命令，直接在終端輸“vmd”，結(jié)果出現(xiàn) rlwrap: Command not found. 但仍然可以運(yùn)行，并出現(xiàn)vmd的兩個(gè)窗口界面。 去軟件中心搜“rlwrap”，下載、安裝即可。若運(yùn)行vmd還是出現(xiàn)那個(gè)問題，就去/usr/local/bin下找名為vmd的啟動腳本，修改它。 先用命令改其權(quán)限。 sudo chmod g+rw /usr/local/bin/vmd 再打開該文檔，查找與rlwrap有關(guān)的字段，有兩處亂碼，是需要slash才能正確顯示的符號。不想安裝slash就要把以下亂碼刪除。 -b(){}[],&^%#;|\\ 為了留個(gè)記錄，可把原句注釋掉（在該行最開頭加個(gè)符號#），再在下面加上沒有亂碼的語句。 再用chmod命令把文件的屬性改回來（也可以不改），運(yùn)行vmd試試。 （2）先把前面計(jì)算得到的dump.*文件改為vmd所要求的.lammpstrj格式，可直接在dump文件名后加此后綴。 運(yùn)行vmd：在終端輸入vmd，打開軟件的主界面和圖示界面。 載入分子或原子：點(diǎn)開主界面的“File→New Molecules”，會彈出一個(gè)名為“Molecule File Browser”的菜單。先在Determine file type下選擇LAMMPS Trajectory，再點(diǎn)Browser，去合適的目錄下尋找.lammpstrj格式的文件，最后點(diǎn)Load，即可導(dǎo)入分子或原子。 改變顯示方式：在主菜單下Graphics→Representations，會彈出Graphical Representations。Drawing Method下選，VDW，此時(shí)原子顯示為小球。更改球的半徑，Sphere Scale調(diào)為0.5或0.4。 將模擬過程保存為動畫：主菜單Extensions→Visualization→Movie Maker，會彈出一個(gè)名為VMD Movie Generator的菜單。先在Movie Settings下選擇Trajectory即輸出軌跡（此菜單下還可決定是否刪除在制作動畫過程中生成的一系列圖片），再點(diǎn)Set working directory設(shè)置輸出動畫的地址。如果要輸出GIF格式的圖片，則Fornat→Animated GIF（ImageMagick）；如果要輸出mpeg格式的視頻，則Format→mpeg-1（ppmtompeg）。最后Make Movie，開始制作。在使用這兩個(gè)功能之前，需要先安裝相應(yīng)的插件（可通過軟件中心）：ImageMagick用以輸出GIF，NetPBM用以輸出mpeg。 |
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