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[求助] 為什么細(xì)菌基因組提取出來(lái)總是23K？已有4人參與

RT，提取到的細(xì)菌基因組進(jìn)行瓊脂糖電泳后，條帶總在23K附近？請(qǐng)專業(yè)人士回復(fù)，最好能注明出處，寫論文用，謝謝~

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1樓 2014-05-12 22:38:16

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yonglu

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dongyanbest(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-05-13 17:57:40

首先有以下疑問(wèn)：
1、最好附上電泳圖：Marker用的是哪個(gè)？λ/HindIII DNA Marker？凝膠濃度及電泳條件？
2、gDNA上樣量多少？
3、也許你所提取的細(xì)菌基因組大小就在23kb左右呢

。

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www.southgene.com

2樓2014-05-13 14:26:11

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luwei13566

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dongyanbest(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-05-13 17:57:47

Marker越靠上量程越大，一般基因組大小在marker最上面即可，而且基因組各種超螺旋纏繞都可能，大小在23K處很正常

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3樓2014-05-13 16:14:19

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Neo2000

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你糾結(jié)在這個(gè)不是問(wèn)題的問(wèn)題，不應(yīng)該啦，在瓊脂糖膠上比較23k和24k的差別，貌似沒(méi)有太多意義。

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4樓2014-05-13 17:34:48

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2樓: Originally posted by yonglu at 2014-05-13 14:26:11
首先有以下疑問(wèn)：
1、最好附上電泳圖：Marker用的是哪個(gè)？λ/HindIII DNA Marker？凝膠濃度及電泳條件？
2、gDNA上樣量多少？
3、也許你所提取的細(xì)菌基因組大小就在23kb左右呢

。

我用的λ/HindIII DNA Marker，0.8%電泳，我的基因組是3.5M，已經(jīng)測(cè)序完成了~只是現(xiàn)在在想為什么提取的基因組總是23K呢？求指點(diǎn)，謝謝~！

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5樓2014-05-15 19:43:55

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3樓: Originally posted by luwei13566 at 2014-05-13 16:14:19
Marker越靠上量程越大，一般基因組大小在marker最上面即可，而且基因組各種超螺旋纏繞都可能，大小在23K處很正常

謝謝回復(fù)~這個(gè)大小確實(shí)是正常的，后續(xù)實(shí)驗(yàn)也挺順利你的~我只是在想，是什么原來(lái)原因讓它恰好是是23K這個(gè)大小呢？怎么解釋呢？

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6樓2014-05-15 19:47:21

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hongrunge

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除非你用的是溫和裂解法，一般的細(xì)菌DNA抽提方法由于提取過(guò)程中的剪切力等原因都會(huì)造成DNA鏈斷裂，電泳條帶大小都在23kb左右。這個(gè)是常識(shí)，你可以看下別人的文章，不用引用參考的。

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7樓2014-05-15 20:18:31

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6樓: Originally posted by dongyanbest at 2014-05-15 19:47:21
謝謝回復(fù)~這個(gè)大小確實(shí)是正常的，后續(xù)實(shí)驗(yàn)也挺順利你的~我只是在想，是什么原來(lái)原因讓它恰好是是23K這個(gè)大小呢？怎么解釋呢？...

首先你怎么這么確定你的基因組大小就是23K呢，HandIII最下面兩條帶差400bp，然后依次向上，最上面的兩條帶之間都能差13K，量程差異已經(jīng)很大了，你提的基因組在23K那條marker的上面吧，別看高那么一點(diǎn)，說(shuō)不定就能再大30K呢？你的DNA既然已經(jīng)超過(guò)量程就沒(méi)法說(shuō)出大小了，只能說(shuō)大于23K。
其次，用Marker判斷DNA大小僅限于簡(jiǎn)單線性的DNA，LZ你說(shuō)說(shuō)為啥質(zhì)粒跑出來(lái)的電泳會(huì)比實(shí)際的低？3M的基因組如果沒(méi)有大量的盤旋折疊細(xì)胞根本就裝不下，折疊的形狀就像一根長(zhǎng)線你把它亂扯成的一坨的形狀類似，這種形狀不能用Marker來(lái)判斷大小。而且你提的基因組肯定不是一條細(xì)帶吧，而是一個(gè)范圍內(nèi)的拖帶，這就是大量折疊的DNA的形式。
這里根本不用引用啥，提的基因組圖片直接放上去，沒(méi)人會(huì)在這里提問(wèn)。

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8樓2014-05-15 22:26:18

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8樓: Originally posted by luwei13566 at 2014-05-15 22:26:18
首先你怎么這么確定你的基因組大小就是23K呢，HandIII最下面兩條帶差400bp，然后依次向上，最上面的兩條帶之間都能差13K，量程差異已經(jīng)很大了，你提的基因組在23K那條marker的上面吧，別看高那么一點(diǎn)，說(shuō)不定就能再 ...

謝謝您的回答，懂了~

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9樓2014-05-17 21:27:57

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