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夏蟲語冰8

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專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

[求助] 知道贗勢基組Hay-Wadt VDZ (n+1) ECP和原子坐標(biāo)，怎樣寫高斯的幾何優(yōu)化輸入文件已有1人參與

贗勢基組為Hay-Wadt VDZ (n+1) ECP
#  Hay-Wadt VDZ (n+1) ECP  EMSL  Basis Set Exchange Library  5/12/14 8:35 PM
# Elements                            References
# --------                            ----------
# K - Au: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
#       P. J. Hay (Private Communication).
#

BASIS "ao basis" PRINT
#BASIS SET: (5s,6p,4d) -> [3s,3p,2d]
Pd S
   2.7870000          -1.6102393             1.3540775
   1.9650000             1.8489842          -1.6780848
   0.6243000             0.6037492          -0.8559381
   0.1496000             0.0000000             1.0200299
Pd S
   0.0436000             1.0000000
Pd P
   5.9990000          -0.1034910
   1.4430000             0.7456952
   0.5264000             0.3656494
Pd P
   0.7368000             0.0763285
   0.0899000             0.9740065
Pd P
   0.0262000             1.0000000
Pd D
   6.0910000             0.0376146
   1.7190000             0.5200479
   0.6056000             0.5706071
Pd D
   0.1883000             1.0000000
END
# Elements                            References
# --------                            ----------
# K - Au: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
#       P. J. Hay (Private Communication).
#

ECP
Pd nelec 28
Pd ul
0 598.3336444          -0.0563177
1 162.4298290          -20.1288036
2    51.5714771          -105.8197923
2    16.4888260          -42.5733345
2    5.8287656          -3.6165086
Pd S
0    73.3806304             3.0003651
1    14.7550438          32.4350093
2    17.8350204          459.0830383
2    12.7111477          -868.0629029
2    9.3292063          514.4726098
Pd P
0    55.6689877             4.9593099
1    64.2337771          21.1711029
2    17.6254952          605.0560092
2    11.9058155          -726.9641846
2    8.5100832          396.3274883
Pd D
0    49.9994728             3.0508745
1    39.7477547          22.2506580
2    11.4321366          674.8357698
2    9.1790080       -1040.8554048
2    7.5624429          505.9375147
END
b3lyp The density functional hybrid model Becke3LYP  was used together with the valence triple-fbasis set 6-311+G(d,p) Pd was treated by  Hay-Wadt VDZ (n+1)(ECP)

原子坐標(biāo)為
2 3
Pd             -0.47468421 -0.55468477 -0.00857500
N                -1.68368998 0.15122248 -0.00857500
N                -1.49131094 -1.22207451 -0.00857500
N                0.79386306 0.73216134 0.00756931
N                1.33215486 -0.57102727 0.01400269
H                0.98591474 1.71354265 0.01019095
H                2.16077145 -1.13075032 0.02423222
H                -2.28857332 0.94753657 -0.00857500
H                -1.92092591 -2.12508668 -0.00857500

我已經(jīng)自己試過寫一些輸入文件，怎么都不對，請高手幫忙。
不勝感謝。。。

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1樓 2014-05-13 11:56:08

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夏蟲語冰8

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第一次上手高斯就要處理這種比較麻煩的情況，請大家不要見笑，多多幫忙啊。

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2樓2014-05-13 11:57:26

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槍下游魂

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gkf高: 金幣+3 2014-05-13 16:12:14

你試寫過的輸入文件是怎么樣的？不對是不對在哪里？高斯如何報(bào)錯(cuò)的？
高斯手冊gen，genecp這章是否有看過？
不知道你現(xiàn)在會到什么程度，只能先寫個(gè)大概給你

# opt b3lyp/genecp

分子描述后空一行開始贗勢的定義

這塊內(nèi)容略復(fù)雜，可以參考大神的隨筆：http://hi.baidu.com/sobereva/item/6d3dc1b4639b52f163388e77

可以把你的輸入文件貼出來，大家?guī)湍憧纯础?

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3樓2014-05-13 13:13:40

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# opt B3LYP GEN scf=qc

title

2 3
Pd             -0.47468421 -0.55468477 -0.00857500
N                -1.68368998 0.15122248 -0.00857500
N                -1.49131094 -1.22207451 -0.00857500
N                0.79386306 0.73216134 0.00756931
N                1.33215486 -0.57102727 0.01400269
H                0.98591474 1.71354265 0.01019095
H                2.16077145 -1.13075032 0.02423222
H                -2.28857332 0.94753657 -0.00857500
H                -1.92092591 -2.12508668 -0.00857500

H,N 0
6-31g**
****

Pd    0
S 3 1.00
   2.7870000          -1.6102393
   1.9650000             1.8489842
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S 4 1.00
   2.7870000             1.3540775
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   0.6243000          -0.8559381
   0.1496000             1.0200299
S 1 1.00
   0.0436000             1.0000000
P 3 1.00
   5.9990000          -0.1034910
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P 2 1.00
   0.7368000             0.0763285
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P 1 1.00
   0.0262000             1.0000000
D 3 1.00
   6.0910000             0.0376146
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   0.6056000             0.5706071
D 1 1.00
   0.1883000             1.0000000
****

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4樓2014-05-13 15:58:39

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我自己寫出來時(shí)這樣的，但是高斯一直報(bào)錯(cuò)，

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5樓2014-05-13 15:59:27

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問題還沒有解決，請大家?guī)兔Γ。?

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6樓2014-05-13 16:06:59

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
夏蟲語冰8: 金幣+200, ★★★★★最佳答案, 非常感謝。 2014-05-15 14:47:54

引用回帖:

6樓: Originally posted by 夏蟲語冰8 at 2014-05-13 16:06:59
問題還沒有解決，請大家?guī)兔Γ。?

# opt b3lyp/gen pseudo=read scf=qc

title

2 3
Pd             -0.47468421 -0.55468477 -0.00857500
N                -1.68368998 0.15122248 -0.00857500
N                -1.49131094 -1.22207451 -0.00857500
N                0.79386306 0.73216134 0.00756931
N                1.33215486 -0.57102727 0.01400269
H                0.98591474 1.71354265 0.01019095
H                2.16077145 -1.13075032 0.02423222
H                -2.28857332 0.94753657 -0.00857500
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H,N 0
6-31g**
****
pd 0
S 3 1.00
   2.7870000          -1.6102393
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   0.6243000             0.6037492
S 4 1.00
   2.7870000             1.3540775
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   0.6243000          -0.8559381
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S 1 1.00
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P 3 1.00
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****

Pd  0
pd-ecp 3 28
Pd ul
5
0 598.3336444          -0.0563177
1 162.4298290          -20.1288036
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Pd S
5
0    73.3806304             3.0003651
1    14.7550438          32.4350093
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2    12.7111477          -868.0629029
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Pd P
5
0    55.6689877             4.9593099
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2    17.6254952          605.0560092
2    11.9058155          -726.9641846
2    8.5100832          396.3274883
Pd D
5
0    49.9994728             3.0508745
1    39.7477547          22.2506580
2    11.4321366          674.8357698
2    9.1790080       -1040.8554048
2    7.5624429          505.9375147

我把你的文件改成這樣是可以運(yùn)行了，但是我不知道結(jié)果是否可靠。
另外你的高斯是03還是09，我用09跑你本來的輸入文件也能跑。。。

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7樓2014-05-14 08:52:28

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夏蟲語冰8

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7樓: Originally posted by 槍下游魂 at 2014-05-14 08:52:28
# opt b3lyp/gen pseudo=read scf=qc

title

2 3
Pd             -0.47468421 -0.55468477 -0.00857500
N                -1.68368998 0.15122248 -0.00857500
N                -1.4913109 ...

我知道可以跑，但是算出來的out文件提示錯(cuò)誤，我看了下最終的優(yōu)化結(jié)構(gòu)也是不對的。

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學(xué)校，學(xué)習(xí)ing...

8樓2014-05-14 09:11:50

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引用回帖:

8樓: Originally posted by 夏蟲語冰8 at 2014-05-14 09:11:50
我知道可以跑，但是算出來的out文件提示錯(cuò)誤，我看了下最終的優(yōu)化結(jié)構(gòu)也是不對的。...

是的，因?yàn)槟鉷d沒有指定基組，你開始沒講清楚我以為你是直接就報(bào)錯(cuò)了。。。
你先用我這個(gè)跑跑看吧，如果不對的話應(yīng)該是pd的基組定義那塊還要修改，ECP那塊應(yīng)該就這樣了。

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9樓2014-05-14 09:48:19

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夏蟲語冰8

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9樓: Originally posted by 槍下游魂 at 2014-05-14 09:48:19
是的，因?yàn)槟鉷d沒有指定基組，你開始沒講清楚我以為你是直接就報(bào)錯(cuò)了。。。
你先用我這個(gè)跑跑看吧，如果不對的話應(yīng)該是pd的基組定義那塊還要修改，ECP那塊應(yīng)該就這樣了。...

我用你的這個(gè)跑過的，一提交就出錯(cuò)啊

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10樓2014-05-14 14:20:58

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