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請(qǐng)教，如何總Total energy mapping？
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如題，今天看文章Ab initio calculations of zirconium adsorption and diffusion on graphene，看到了一幅圖，文中圖5，附件中圖1，這幅圖是Zr原子在石墨烯上吸附的Total energy mapping，用于表述擴(kuò)散壁壘（個(gè)人理解），文中提到了如何做這幅圖，描述如下： In these calculations, we fix the coordinates of two C atoms, away from the absorbed Zr atom, in the graphene surface with the previously calculated and relaxed distances. The two fixed atoms neglect the movement of the graphene center-of-mass during relaxations. We relax all the other C atoms. We nullify the forces of the Zr atom in the x and y axes at every step while the z coordinate is relaxed. The total-energy mapping of the Zr atom on a graphene surface is shown in Fig. 5. 這句話的大概意思是：固定住不靠著被吸附原子的C原子，并且固定Zr的x y坐標(biāo)，只弛豫z坐標(biāo)，同時(shí)，其余的C原子的所有坐標(biāo)都弛豫？ 但是這段話還有不明白的地方，請(qǐng)各位前輩指教： 1. The two fixed atoms neglect the movement of the graphene center-of-mass during relaxations. 這句話是什么意思？什么是center-of-mass？？？ 2. 如何實(shí)現(xiàn)：固定住不靠著被吸附原子的C原子，并且固定Zr的x y坐標(biāo)，只弛豫z坐標(biāo)，同時(shí)，其余的C原子的所有坐標(biāo)都弛豫？使用Dynamic形式的POSCAR嗎？ 類似： C 0 0 0 F F T C 0.3 0.3 0 T T T …………… Zr 0.5 0.5 0.1 F F T 這樣的一類格式嗎？？？ 還是使用什么別的方式做出來？ 3. 最后一個(gè)問題，所有能量點(diǎn)的數(shù)據(jù)計(jì)算出來之后，如何用origin作圖？？？有些想不出來…… 問題比較難，請(qǐng)各位前輩指教，謝謝  Fig. 1.jpg |
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2014-05-13 20:56:37, 697.1 K
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3樓2014-08-04 21:09:17
shaolin1120
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2樓2014-08-04 09:21:53
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