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屹度新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
要做兩、三個(gè)分子之間相互作用的核磁計(jì)算，我這樣的理解、操作有沒(méi)有問(wèn)題？
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初入小木蟲(chóng)不久，金幣不多，已是全部身家，真是過(guò)意不去。。接觸量化一個(gè)多月，會(huì)做單點(diǎn)計(jì)算、小分子計(jì)算，看了些手冊(cè)和版塊里的FAQ，仍然有些不解。 導(dǎo)師讓做，當(dāng)POA這個(gè)藥物和Arg精氨酸拉近的時(shí)候，通過(guò)gaussian計(jì)算它們化學(xué)位移的變化。目的是與POA和Arg的核磁滴定實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)有個(gè)比較。 【疑惑1：我不知道輸入文件如何編寫(xiě)來(lái)表達(dá)兩個(gè)分子互相靠近這個(gè)過(guò)程】于是按自己理解，在chem3D上繪出這兩個(gè)分子，并MM2簡(jiǎn)單優(yōu)化： 【疑惑2：但如果改變它們的相互位置，空間位阻、坐標(biāo)不就完全不一樣嗎？只取其中一個(gè)進(jìn)行計(jì)算會(huì)不會(huì)影響我想要的結(jié)果？】 導(dǎo)出它們的C坐標(biāo)（據(jù)說(shuō)C坐標(biāo)做幾何優(yōu)化耗時(shí)最長(zhǎng)，但因?yàn)檫@是將近40個(gè)原子的分子，導(dǎo)出C坐標(biāo)操作簡(jiǎn)單點(diǎn)。具體幾何優(yōu)化需要哪種坐標(biāo)我也沒(méi)有明確的認(rèn)知）。 編寫(xiě)輸入文件如下： %nproc=4 # MP2/6-31G(d) OPT TEST POA and ARG MP2/6-31G(d) OPT 0 1 C1 -6.9230 -0.8592 0.6561 C2 -7.1050 -2.1455 1.2048 N3 -6.0806 -2.9489 1.4563 C4 -4.8692 -2.4582 1.1544 C5 -4.6705 -1.1807 0.6090 N6 -5.7248 -0.3806 0.3639 C7 -3.2923 -0.6954 0.3100 O8 -3.0493 0.5618 -0.1152 H9 -2.0829 0.6414 -0.1840 O10 -2.3316 -1.4409 0.4600 N11 -0.4577 0.2737 1.4511 H12 -0.1853 -0.1718 2.3262 H13 -0.7703 -0.4898 0.8500 C14 0.6667 1.0069 0.8501 H15 1.0497 1.7130 1.6257 C16 0.1687 1.7930 -0.3471 C17 1.7818 0.0204 0.4644 H18 1.3987 -0.6906 -0.3054 H19 2.0615 -0.5853 1.3596 O20 0.4933 3.0965 -0.2794 H21 0.1384 3.4972 -1.0904 O22 -0.4466 1.3357 -1.2802 C23 3.0345 0.7355 -0.0682 H24 3.4226 1.4321 0.7130 H25 2.7692 1.3515 -0.9599 C26 4.1458 -0.2470 -0.4664 H27 3.7731 -0.9149 -1.2777 H28 4.4519 -0.8555 0.4164 N29 5.3325 0.4823 -0.9550 H30 5.3901 1.5289 -0.9174 C31 6.3789 -0.2477 -1.4965 N32 6.3431 -1.6301 -1.5371 H33 7.1530 -2.1549 -1.9500 H34 5.5189 -2.1552 -1.1579 N35 7.4295 0.3781 -1.9673 H36 8.1119 -0.2927 -2.3262 H37 -4.0218 -3.1285 1.3691 H38 -8.1120 -2.5225 1.4430 H39 -7.7872 -0.2066 0.4546 是在LINUX系統(tǒng)和STERM終端下進(jìn)行計(jì)算的。之前分別算過(guò)POA和Arg的OPT和NMR，很快。但是這次已經(jīng)超過(guò)12小時(shí)了還沒(méi)有結(jié)果。很擔(dān)心沒(méi)法收斂，就像我疑惑2里的，任何一種相對(duì)位置都會(huì)出現(xiàn)一種不同的結(jié)果，會(huì)不會(huì)因此沒(méi)法收斂？或者別的什么問(wèn)題？望大神指出！ 【疑問(wèn)3：輸入什么命令可以查看計(jì)算情況和預(yù)計(jì)計(jì)算時(shí)間？】 |
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屹度
新蟲(chóng) (初入文壇)
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3樓2015-10-29 13:41:58
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