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RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測——MFOLD，RNASTRUCTURE和RNAVIZ使用求助(!) 已有1人參與
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想對之前得到的某段rRNA的二級結(jié)構(gòu)進行預(yù)測。 查文獻，看到“利用MFOLD推算RNA二級結(jié)構(gòu);利用RNASTRUCTURE篩選最優(yōu)熱力學(xué)和次級結(jié)構(gòu)；最后利用RNAVIZ對模型進行修飾�！� 讀了軟件使用說明，但依然是一頭霧水。 有幾個問題不懂： 1. MFOLD工具推算出的二級結(jié)構(gòu)難道不準(zhǔn)，為何還要用RNASTRUCTURE進行篩選？ 2. RNASTRUCTURE和RNAVIZ都可以繪圖，為什么要同時使用這兩個軟件？ 3. 如何用RNAVIZ進行模型修飾，使得圖形好看一些？比如怎么將核苷酸背景涂成灰色陰影（如圖）？怎么將彎曲的形狀改成直線型等？ Untitled.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+3, 鼓勵交流 2014-06-03 16:14:55
Crescendo: 金幣+8, ★★★很有幫助, 先給你一半金幣吧！是否對RNAviz做一些說明呢？我試了好多次，就是不知道圖片中灰色陰影是怎么弄的。 2014-06-03 20:01:56
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MFOLD是在線的，RNAStructure是以Mfold算法為基礎(chǔ)設(shè)計的離線軟件。其實兩者原理一樣，用后者就行了。 我記得RNAStructrue只能生成預(yù)測的結(jié)構(gòu)圖片，不能自己繪圖吧。RNAViz可以根據(jù)RNAStructre生成的文件來調(diào)整圖片布局，繪制更為漂亮的圖片。 RNAViz是八、九年前用的，具體操作已經(jīng)忘得差不多了。這玩意最開始的設(shè)計就不太友好，操作比較麻煩，慢慢嘗試吧。 |
2樓2014-06-03 11:16:01
weer2009
銀蟲 (初入文壇)
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3樓2018-05-28 16:30:03
xxxjyb
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4樓2020-09-22 11:07:09
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