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蛋白質(zhì)折疊組裝 VMD操作以及gromacs計算
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蛋白質(zhì)折疊組裝 VMD操作以及gromacs計算 1.請教各位前輩們， 蛋白質(zhì)的折疊和蛋白質(zhì)的自組裝有著怎樣的區(qū)別呢? 對蛋白質(zhì)和聚合物進行的自組裝，不同的linux機器以及不同的長度的時間，為什么自組裝的結(jié)構(gòu)存在如此巨大的差異呢？ 2.另外，對于VMD中是如何對所有指定的幀（一定的范圍或者是整個范圍的幀）執(zhí)行某一命令的，比如說對指定范圍內(nèi)的幀執(zhí)行下面的命令，或者是對軌跡文件中的全部幀執(zhí)行下面的命令是如何實現(xiàn)的？ $all moveby {20 20 20} 3.gromacs模擬軌跡分析，蛋白質(zhì)的RMSD計算，如果選擇晶體結(jié)構(gòu)作為參考結(jié)構(gòu)，是應該選擇加入水和離子之后的結(jié)構(gòu)還是使用優(yōu)化或者平衡之后的結(jié)構(gòu)作為對比的參考點呢? 自己研究了好長時間都不是很明白，請教各位高人進行指點！ |
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6樓2014-06-05 19:00:19
簡單回復
2014-06-05 18:47
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aiyixuan2013(金幣+1): 謝謝參與
7
SCI-ICS3樓
2014-06-05 18:52
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aiyixuan2013(金幣+1): 謝謝參與
祝福
henry8354樓
2014-06-05 18:53
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aiyixuan2013(金幣+1): 謝謝參與
2014-06-05 18:54
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aiyixuan2013(金幣+1): 謝謝參與
假大空7樓
2014-06-05 19:14
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aiyixuan2013(金幣+1): 謝謝參與
zls61108樓
2014-06-05 19:27
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