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wangyulinup金蟲 (正式寫手)
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[求助]
請問各位，為什么我用dl_poly4模擬計算的碳酸鈣水體系如此之慢？
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各位前輩： 大家好，我用dl_poly4模擬計算的碳酸鈣水體系計算速度最快為每天6000步，而其他師兄師姐則起碼每天2,3萬步，小弟實在找不到原因，懇請各位前輩大神高人出手相助。我計算的體系及模擬控制參數(shù)信息如下： 1. 計算速度（列了4個作業(yè)）： ①. 2*7Ca7CO3+6000w的體系（作業(yè)號24298）兩天計算了8900步；其中2*7Ca7CO3+6000w指兩個7Ca7CO3的團(tuán)簇與6000w 的體系（后三個作業(yè)，不再贅述） ②. 1*10Ca10CO3+6000w的體系（作業(yè)號20768）兩天計算了11700步； ③. 1*9Ca9CO3+6000w的體系（作業(yè)號1940）三天計算了14000步； ④. 1*8Ca8CO3+6000w的體系（作業(yè)號2200）三天計算了13100步； 2. 計算研究對象及體系 研究對象為碳酸鈣水溶液 ，模擬體系 為 2*7Ca7CO3+6000w，1*10Ca10CO3+6000w的體系，1*9Ca9CO3+6000w，1*8Ca8CO3+6000w的體系 等等 3. 模擬用 dl_poly_4軟件包，三維周期性邊界條件，盒子大小用packmol產(chǎn)生，大約為57 埃。 4. 模擬控制參數(shù)以一個體系的 control 文件為例列舉如下，其它體系大致一致。 10Ca10CO3,6000W temperature 298.15 pressure 0.001 ensemble npt hoover 0.1 0.5 integrat velocity steps 1000000 equilibration 400000 mult 1 scale 5 stats 20 rdf 10 print rdf # traj 200001 200 0 optim force 1.0 densvar 30 timestep 0.001 cutoff 27.0 ewald precision 1.0E-5 minimise energy 300 5.0E-05 shake 1.0E-8 mxshak 800 quaternion tolerance 1.0E-05 job time 99999999999999.0 close time 300000.0 finish 5. field 中采用約束性模擬，即對一部分原子距離進(jìn)行固定。原子間的相互作用采用 LJ 勢與Buck 勢相結(jié)合，具體以一個field為例列舉如下，其它體系大致一致。 10Ca10CO3,6000W UNITS eV molecules 2 10Ca10CO3 NUMMOLS 1 ATOMS 50 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CONSTRAINTS 48 1 2 1.284 1 3 1.284 1 4 1.284 3 5 2.450 6 7 1.284 6 8 1.284 6 9 1.284 7 5 2.450 8 10 2.450 11 12 1.284 11 13 1.284 11 14 1.284 10 12 2.450 14 15 2.450 16 17 1.284 16 18 1.284 16 19 1.284 17 15 2.450 18 20 2.450 21 22 1.284 21 23 1.284 21 24 1.284 24 20 2.450 23 25 2.450 26 27 1.284 26 28 1.284 26 29 1.284 27 25 2.450 28 30 2.450 31 32 1.284 31 33 1.284 31 34 1.284 30 32 2.450 34 35 2.450 36 37 1.284 36 38 1.284 36 39 1.284 37 35 2.450 38 40 2.450 41 42 1.284 41 43 1.284 41 44 1.284 40 44 2.450 43 45 2.450 46 47 1.284 46 48 1.284 46 49 1.284 47 45 2.450 FINISH SPC WATER NUMMOLS 6000 ATOMS 3 OW 15.9994000 -0.84760000 HW 1.00797000 0.42380000 HW 1.00797000 0.42380000 CONSTRAINTS 3 1 2 1.00 1 3 1.00 2 3 1.63299 FINISH VDW 8 Ca2+ Ca2+ LJ 0.450000000 2.3610000 Ca2+ OW LJ 0.00100000 3.2500000 OW OW LJ 0.0070576 3.16435 Ca2+ OCa buck 3161.6335 0.271511 0.0000 Ca2+ CCa buck 120000000.0 0.120000 0.0000 OCa OCa buck 63840.199 0.198913 27.899008 OCa OW buck 12534.455133 0.215172 12.090225 OCa HW buck 396.320957 0.230006 0.000000 CLOSE 懇請各位大賢幫小弟分析下我計算如此緩慢的原因，小弟將萬分感激��！ |
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