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tthappyy

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

[求助] LAMMPS中dpd模塊的參數(shù)如何設(shè)置，求大家給予幫助

小弟剛剛學(xué)習(xí)DPD，使用LAMMPS中的DPD模塊功能進(jìn)行大分子自組裝模擬，在重復(fù)文獻(xiàn)中的模擬時(shí)，不能將文獻(xiàn)中的參數(shù)完全對應(yīng)的放進(jìn)去，尤其是timestep，差了一個(gè)量級，文獻(xiàn)中是0.02,而我只能到0.002，稍微設(shè)置大一點(diǎn)兒就出現(xiàn)bond atoms missing 或者angle atom missing這樣的錯(cuò)誤。。。不知道有沒有人能幫忙改一改參數(shù)設(shè)置, 或者有什么指點(diǎn)的地方，感謝。文獻(xiàn)是這篇 Martin Bates and Martin Walker,Soft Matter, 2009, 5, 346–353, Dissipative particle dynamics simulation of T- and X-shaped polyphilic molecules exhibiting honeycomb columnar phases.

boundary       p p p
units lj
atom_style full
bond_style    harmonic
angle_style    harmonic
variable       T equal 0.7
pair_style dpd ${T} 1.0 34387
read_data       resultTshape3.data
mass * 1
bond_coeff    1 4.0  0.
angle_coeff    1 4.0  180
angle_coeff    2 4.0  140
angle_coeff    3 1.0  180
angle_coeff    4 4.0  120
special_bonds lj 1.0 1.0 1.0 #default is 0 0 0.
variable       gamma equal 3.67^2/2./${T}
pair_coeff    * *  0  0
pair_coeff 6 6  5 ${gamma}  #6:polar; 7:core1; 9:core2; 8:side chain. Sigma=sqrt(2*T*gamma)=3.67(given in the paper)
pair_coeff 6 7 15 ${gamma}  #pair_coeff specifies A and gamma, do not support mixing
pair_coeff 6 8 40 ${gamma}  #coefficients for all I,J pairs must be specified explicitly.
pair_coeff 6 9 10 ${gamma}  #LAMMPS sets ij and ji to be the same values.
pair_coeff 7 7 15 ${gamma}  #pair_coeff command can override a previous setting.
pair_coeff 7 8 40 ${gamma}
pair_coeff 7 9 15 ${gamma}
pair_coeff 8 8 20 ${gamma}
pair_coeff 8 9 40 ${gamma}
pair_coeff    9 9 10 ${gamma}

communicate    multi vel yes #velocites are stored by ghost atoms for dpd style.
velocity all create ${T} 49863 dist uniform

neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1

timestep 0.001 # timestep 0.02, 1M steps was found to be sufficient for N=5000 system
thermo 100000
thermo_style one
restart       100000 restart

dump d1 all xyz 1000000 dump.fluid.*.xyz
dump_modify d1 flush yes

fix          1 all nvt temp 0.7 1.7 1.0
run          5000000
unfix          1

fix          1 all nvt temp 1.7 1.7 1.0
run 50000000

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附件 1 : Computer_Simulation-4.pdf

2014-06-09 15:00:16, 1.77 M

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1樓 2014-06-09 15:00:43

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