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1207150929金蟲 (小有名氣)
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[求助]
關于用lammps建立無限延伸聚合物晶體模型的問題
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我現(xiàn)在用lammps（17 Oct 2012 version）用非平衡分子動力學的方法做聚合物晶體聚合物熱導率的計算。模擬建模時，通過拓展polymer的unit cell， 生成supercell，這個supercell即為模擬的box，力場用GAFF，周期性邊界條件加在box的三個方向。 我的具體建模做法如下： 1、用antechamber處理gaussian的輸出文件，生成polymer單胞內(nèi)單體的mol2文件和frcmod文件； 2、用tleap工具將單體的力場信息load到超胞中，生成超胞的prmtop和inpcrd文件； 3、用amber2lammps將超胞的prmtop和inpcrd文件轉(zhuǎn)化成lammps可讀的data文件。 但由于我需要模擬無限延伸的polymer體系，故在box的邊界總會有bond穿越box的邊界。所以我在使用tleap工具將單體的力場信息load到超胞中時，就有意將 polymer鏈最兩端的原子bond到一起。這樣生成的data文件并無錯誤信息。但之后我測試用lammps模擬能量最小化時，在log輸出文件中總會出現(xiàn)錯誤信息： Bond/angle/dihedral extent > half of periodic box length，模擬過程終止。我不知道是不是我建模的過程有問題；我也不確定lammps在模擬的過程中 是否遵循最小鏡像原理，如果遵循的話，lammps應該就不會誤認為將鏈最兩端的原子bond到一起，而是一個box中的最邊緣原子和它近鄰box中的鏡像bond到一起。 |
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