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一些關(guān)于模擬汽液相平衡的問(wèn)題（towhee新手） 已有1人參與
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本人最近在學(xué)習(xí)Towhee，嘗試自己模擬簡(jiǎn)單的純物質(zhì)。出現(xiàn)了不少問(wèn)題，想在這里請(qǐng)教一下大家。希望高手們解答！ 1、自己寫(xiě)的input文件，charge_assignment這塊我寫(xiě)的是bond-increment,但是運(yùn)行的時(shí)候老是說(shuō)找不到參數(shù) parameters not found for bond increment atoms 1 and 2 vib 1 names [CH ] [CH ] 下面是力場(chǎng)文件相應(yīng)的部分（格式應(yīng)該不會(huì)錯(cuò)，我照著example寫(xiě)的）。 Bond Increment Type Number 1 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH 2、后來(lái)這個(gè)問(wèn)題得不到解決，因?yàn)樗肽M的物質(zhì)不考慮電荷，所以就把”charge_assignment“這塊改成了”none“。然后運(yùn)行，但是模擬結(jié)果 的汽液密度最終都差不多一樣了，這樣的話就是不分相了。后來(lái)嘗試改變盒子的大小，但是都得到的不分相。 “盒子里面的分子數(shù)目都是50/250，盒子的大小根據(jù)實(shí)際的文獻(xiàn)密度給的（大致）。” 3、還有像請(qǐng)問(wèn)下是不是各種move的概率問(wèn)題，我大致給的概率是轉(zhuǎn)動(dòng)和平動(dòng)分別是0.35,0.3。體積給的是0.002、交換給的是0.003、pmcb給的是0.29。 |
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恩， towhee_ff Version 14 Number of Nonbonded Types 2 Potential Type Lennard-Jones Classical Mixrule Lorentz-Berthelot Atom Type Number 1 Nonbond Coefficients 0.4680000000E+01 0.1000000000E+02 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 Mass 0.1301910000E+02 Element C Bond Pattern sp2 Base Charge 0.0000000000E+00 Polarizability 0.1000000000E+01 Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH CH CH Atom Type Number 2 Nonbond Coefficients 0.3600000000E+01 0.1800000000E+03 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 Mass 0.3206500000E+02 Element S Bond Pattern null Base Charge 0.0000000000E+00 Polarizability 0.1000000000E+01 Force Field Name TraPPE-UA Atom Names Scc(thio) Scc(thio) Scc(thio) Scc(thio) Number of Bonded Terms 2 Bond Type Number 1 Bond Style 1 Bond Coefficients 0.1710000000E+01 Vibration Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names Scc(thio) CH Bond Type Number 2 Bond Style 1 Bond Coefficients 0.1400000000E+01 Vibration Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH Number of Angle Terms 3 Angle Type Number 1 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.1115000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH Scc(thio) Angle Type Number 2 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.0922000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH Scc(thio) CH Angle Type Number 3 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.1124000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH CH Number of Torsion Terms 1 Torsion Type Number 1 Torsion Style 8 One-Four Nonbond Logical T One-Four Coulombic Scaling 0.5000000000E+00 Torsion Coefficients Torsion Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 5 Atom Names Scc(thio) CH CH CH CH CH CH CH CH CH CH Scc(thio) CH CH Scc(thio) CH CH Scc(thio) CH CH Number of Improper Terms 0 Number of Angle-Angle Terms 0 Number of One-Five Types 0 Number of Bond Increments 2 Bond Increment Type Number 1 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH Scc(thio) Bond Increment Type Number 2 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH 輸入文件： inputformat 'Towhee' ensemble 'nvt' temperature 450.00d0 nmolty 1 nmolectyp 300 numboxes 2 stepstyle 'cycles' nstep 5000 printfreq 100 blocksize 1000 moviefreq 2000 backupfreq 2000 runoutput 'full' pdb_output_freq 1000 pressurefreq 10 trmaxdispfreq 100 volmaxdispfreq 100 potentialstyle 'internal' ffnumber 1 ff_filename /home/lc/towhee-7.0.4/ForceFields/towhee_ff_TraPPE-UA classical_potential 'Lennard-Jones' classical_mixrule 'Lorentz-Berthelot' lshift .false. ltailc .true. rmin 1.0d0 rcut 14.0d0 rcutin 10.0d0 electrostatic_form 'none' linit .TRUE. initboxtype 'dimensions' initstyle 'full cbmc' 'full cbmc' initlattice 'simple cubic' 'simple cubic' initmol 50 250 inix iniy iniz 3 5 4 7 6 6 hmatrix 50.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 50.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 50.0d0 30.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 30.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 30.0d0 pmvol 0.00020d0 pmvlpr 1.0d0 rmvol 0.1d0 tavol 0.5d0 pm2boxcbswap 0.015d0 pm2cbswmt 1.0d0 pm2cbswpr 1.0d0 pmcb 0.3d0 pmcbmt 1.0d0 pmall 1.0d0 pmtracm 0.65d0 pmtcmt 1.0d0 rmtrac 0.5d0 tatrac 0.5d0 pmrotate 1.0d0 pmromt 1.0d0 rmrot 1.0d0 tarot 0.5d0 cbmc_formulation 'Martin and Frischknecht 2006' cbmc_setting_style 'Martin and Frischknecht' #trappe-ua Thiophene input_style 'basic connectivity map' nunit 5 nmaxcbmc 5 lpdbnames .FALSE. forcefield 'TraPPE-UA' charge_assignment 'bond increment' unit ntype 1 'Scc(thio)' vibration 2 2 5 improper torsion 0 unit ntype 2 'CH' vibration 2 1 3 improper torsion 0 unit ntype 3 'CH' vibration 2 2 4 improper torsion 0 unit ntype 4 'CH' vibration 2 3 5 improper torsion 0 unit ntype 5 'CH' vibration 2 1 4 improper torsion 0 |
3樓2014-06-23 14:29:51
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
992648352(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵(lì)交流！ 2014-06-25 13:56:43
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
992648352(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵(lì)交流！ 2014-06-25 13:56:43
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把力場(chǎng)文件貼上來(lái)吧，目測(cè)是你的格式有問(wèn)題，比如 type number的1，前面的空格數(shù)可能不對(duì)。自己去原力場(chǎng)里面看看它的位置。 汽液相分不開(kāi)，先試試減小汽液相盒子體積，你的汽液相盒子大小分別是多少？溫度？溫度有沒(méi)有接近臨界溫度。 另外你的cut值設(shè)的多少？可以嘗試減小截?cái)喟霃街怠?br /> 如果還不行，請(qǐng)?zhí)斎牒土?chǎng)文件看看。 |
2樓2014-06-22 20:21:42
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溫度為450°，臨界溫度579°。 我模擬的是純噻吩。 老是出現(xiàn)下面的問(wèn)題？？ using the TraPPE-UA force field charge_assignment: bond increment Building the input file for molecule type: 1 unit: 1 name:Scc(thio) unit: 2 name:CH unit: 3 name:CH unit: 4 name:CH unit: 5 name:CH parameters not found for bond increment atoms 1 and 2 vib 1 names [Scc(thio) ][CH ] 希望你能幫我看看，萬(wàn)分感謝��！ |
4樓2014-06-23 14:34:10
5樓2014-06-25 21:10:54
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