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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gromacs模擬溫度耦合和壓力耦合選擇算法的問題，感謝�。�！ 已有1人參與
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想請教大俠們，Gromacs模擬的時候，MDP配置文件里的溫度耦合（Temperature coupling）的berendsen，nose-hoover，v-rescale選哪個算法好啊……？還有其壓力耦合的berendsen，Parrinello-Rahman選哪個好呢？？我在溫度和壓力耦合，選哪個算法上一直糾結(jié)不前。。。。我的體系很簡單，就是一個蛋白在水溶液中。有沒有大蝦，能講解一下這些選擇這些算法的區(qū)別，以及對最后MD的結(jié)果產(chǎn)生的影響呢…………？？萬分感謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangmao511: 金幣+10, ★★★很有幫助, 不錯 2014-06-30 19:38:42
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangmao511: 金幣+10, ★★★很有幫助, 不錯 2014-06-30 19:38:42
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nose-hoover + Parrinello-Rahman, 有空來參加我們的MD使用培訓(xùn)， berendsen只能用于升溫或者短暫的equilibration NPT的數(shù)據(jù)收集，必須這個 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1 歡迎大家使用我們開發(fā)的軟件做些工作，我們團(tuán)隊(duì)提供無償協(xié)助， BeeMD開發(fā)團(tuán)隊(duì) |
3樓2014-06-25 21:51:44
趙紅霞
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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2樓2014-06-24 11:03:49
zhangmao511
鐵蟲 (小有名氣)
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4樓2014-06-27 14:23:08
★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-08 15:46:37
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-08 15:46:37
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有時間的話可以看看Nose, hoover的文章 nose的 A unified formulation of the constant temperature molecular dynamics methods Hoover的 Canonical dynamics: Equilibrium phase-space distributions 在他們之前所有的算法，都不符合Normal Canonical，也就通常不符合咱們要模擬的過程， MD中還有需要注意的就是explicit solvent體系必須用PME (Particle Meshed Ewald)算庫侖力， 還有就是時間方面的概念，我在另一個貼子中回了， 基本上這些把握好了，就可以放心地做模擬了，然后在分析結(jié)果上下功夫，寫文章了。 我們應(yīng)該會在這個暑期辦個MD交流講座，希望大家來聽聽， 我們安排好時間了發(fā)通知， 可以加我們的群交流MD使用，學(xué)習(xí)開發(fā)， BeeMD發(fā)布貼， http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1 請幫頂，謝謝 BeeMD開發(fā)團(tuán)隊(duì) |
5樓2014-06-27 16:41:12
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