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volcanozhao新蟲 (初入文壇)
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[求助]
想在4倍體棉花里面擴一個基因，用雷蒙德氏棉花（2倍體，已完成測序）設(shè)計引物。。 已有1人參與
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有很多contig 4倍體棉花里得到的。。比對后挑選了幾個候選Gene。。 困惑的 問題 1 ncbi blast比對時。。分別選擇 核酸序列數(shù)據(jù)庫Nucleotide collection和 四倍體棉花est數(shù)據(jù)庫 比對時。。結(jié)果為什么不一樣？而且沒有重復(fù)的居然。 問題2 2倍體雷蒙德氏棉已經(jīng)測序。。。根據(jù)2倍體的CDs和cDNA設(shè)計引物。。拿4倍體棉cDNA 作為模板擴增，行不。。？ 問題3 我就是根據(jù)2倍體序列設(shè)計的。。�？墒菦]有p出來。一周啦。。 可是有人明明也是這樣做就出來啦。。 越來越不相信 基因 PCR 這些東東了。。感覺。。咋這么難。。。唉。。。 |
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volcanozhao: 金幣+4 2014-06-30 09:24:32
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1.Blastn時，nr庫與EST庫不重，所以結(jié)果不一樣。 2.現(xiàn)在另一個二倍體亞洲棉的測序也完成了，數(shù)據(jù)也可以下到，你也可以試下用這個做模板設(shè)計引物。 3.PCR的影響因素很多，不出結(jié)果也可能是模板或反應(yīng)體系或程序的問題。 |
2樓2014-06-27 23:54:42
volcanozhao
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volcanozhao
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5樓2014-06-30 09:24:10
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原始數(shù)據(jù)在NCBI上，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/?val=AYOE01#contigs，BLAST比對時選擇tree cotton（taxid：29729）庫 |
6樓2014-06-30 11:55:07
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