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如何用amber自帶程序處理軌跡中由于周期性邊界條件，溶劑水分子錯亂鏡像成鍵的問題？ 已有1人參與
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有2個問題求救大家： 第一：如圖，我用amber跑的軌跡，有周期性邊界條件，最后呢，水盒子的水分子就鏡像成鍵了，出現(xiàn)了很多跨越成鍵現(xiàn)象。請問，amber里自帶的程序如何轉換或者怎么處理下軌跡，總之我是想把這些水分子的長程化學鍵去掉，讓氧原子和周圍正常的2個氫原子去成鍵。請問，如何處理，在manual里哪塊有說明嗎？或者官網(wǎng)的哪個練習有類似操作嗎？比較棘手，多謝各位了！ 我的mdin文件如下： dhfr evb &cntrl ievb = 1, irest = 0, ntx=1, ntb = 1, ntt = 3, gamma_ln=100.0, cut = 10.0, nstlim = 200000, dt = 0.001, ntpr = 200, ntave=1, ntwr = 200, ntwx = 200, ntwe = 200, nscm = 100, temp0 = 300, ntf = 1, ntc = 1, vlimit=20.0, iwrap=1, / &ewald nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120, / ~ ~ ~ 第2：我的軌跡mdcrd是200ps，1000個frames，第一個frame是正常的，最后一個就如圖了。然后我用這兩個frame分別取算單點能，最后一個frame的能量是第一個的1000倍，很明顯不對，它們應該差不多的。而且bond energy不對，我的單點能mdin文件如下： dhfrc1 nvt &cntrl ievb=1, imin=0, irest = 0, ntx=1, nstlim=1, dt = 0.0, ntb=1, ntf = 1, ntc = 1, ntt = 3, gamma_ln=100.0, temp0 = 300, cut=12.0, ntpr = 1, ntave=1, ntwr = 1, ntwx = 1, ntwe = 1, vlimit=20.0, iwrap=1, / &ewald nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120, / 輸出的能量文件如下： NSTEP = 0 TIME(PS) = 0.000 TEMP(K) = 0.00 PRESS = 0.0 Etot = ************** EKtot = 0.0000 EPtot = ************** BOND = ************** ANGLE = 1438.2584 DIHED = 1764.9645 1-4 NB = 606.6218 1-4 EEL = 5867.2479 VDWAALS = 33125.4300 EELEC = -268477.1384 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000 EVB:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ V_TOT = ************** V_EVB = ************** V_UMB = 0.0000 C_0^2 = 0.9915 0.0085 EVB RC = 0.0000 Ewald error estimate: 0.7715E-01 ------------------------------------------------------------------------------ NSTEP = 1 TIME(PS) = 0.000 TEMP(K) =305151.29 PRESS = 0.0 Etot = ************** EKtot = 51070814.7000 EPtot = ************** BOND = ************** ANGLE = 1438.2584 DIHED = 1764.9645 1-4 NB = 606.6218 1-4 EEL = 5867.2479 VDWAALS = 33125.4300 EELEC = -268477.1384 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000 EVB:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ V_TOT = ************** V_EVB = ************** V_UMB = 0.0000 C_0^2 = 0.9915 0.0085 EVB RC = 0.0000 Ewald error estimate: 0.7715E-01 ------------------------------------------------------------------------------ 我的bond energy老是算不對，請問這是怎么回事呢？ manual上哪里有提到嗎？ 大家如果了解的請多多幫忙，新學amber不久 ，不怕遇到問題，只是對于遇到的問題很沒有頭緒，不知道該怎么解決，多謝了！ 3`O13KF4GZC(@F6F~EWNR%W.jpg |
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