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我愛(ài)問(wèn)路新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
蛋白質(zhì)CTER中兩個(gè)氧原子異常接近 已有1人參與
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手動(dòng)在蛋白質(zhì)的C端加了一個(gè)CTER，但是在跑分子動(dòng)力學(xué)的時(shí)候CTER中的兩個(gè)氧原子會(huì)靠的非常近（0.271埃），進(jìn)程會(huì)因?yàn)檫@一段上的某些原子無(wú)法束縛而報(bào)錯(cuò)終止。錯(cuò)誤信息如下： ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 24416! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 我所用的CTER如下： PRES CTER -1.00 ! standard C-terminus GROUP ! use in generate statement ATOM C CC 0.34 ! OT2(-) ATOM OT1 OC -0.67 ! / ATOM OT2 OC -0.67 ! -C DELETE ATOM O ! \\ BOND C OT2 ! OT1 DOUBLE C OT1 IMPR C CA OT2 OT1 ACCEPTOR OT1 C ACCEPTOR OT2 C IC N CA C OT2 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000 IC OT2 CA *C OT1 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000 其中OC 在VDW中的參數(shù)如下： OC 0.000000 -0.120000 1.700000 ! ALLOW POL ION ! JG 8/27/89 不知道大家有沒(méi)有遇到類似的問(wèn)題，如何解決？ |
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2樓2014-07-06 15:44:32
我愛(ài)問(wèn)路
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你好，感謝你的回復(fù)。 我的系統(tǒng)分為兩部分，一部分是蛋白，另一部分是一種生物大分子。對(duì)于蛋白是需要加COO的，但對(duì)于生物大分子則不需要。 所以，我把原來(lái)程序中的默認(rèn)加CTER和NTER的語(yǔ)句注釋掉了，手動(dòng)給每個(gè)蛋白的兩端加CTER和NTER。但是效果和程序自動(dòng)添加是一樣的。如果程序默認(rèn)添加的話生物大分子也會(huì)被加上CTER和NTER。 請(qǐng)問(wèn)常用的默認(rèn)CTER和我上面給出的是一樣的嗎？有沒(méi)有替代的方法？ 現(xiàn)在是在優(yōu)化的過(guò)程中就會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)氧原子靠的太近的情況，我在嘗試改CTER中原子的電荷量，不知道是否可行。 |
3樓2014-07-06 19:11:43
qianxiong
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【答案】應(yīng)助回帖
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我愛(ài)問(wèn)路(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-07-08 16:32:37
我愛(ài)問(wèn)路: 金幣+1, ★★★★★最佳答案, 感謝您的解答，確實(shí)是角度問(wèn)題，現(xiàn)已解決，多謝�。�！ 2014-07-27 01:08:44
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charmm 力場(chǎng) 默認(rèn)給出COO與PERS CTER的參數(shù)是一樣的， 這和電量有嗎關(guān)系，它們是angle關(guān)系，又不計(jì)算它們之間的coul 作用 |
4樓2014-07-07 00:16:05
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