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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物信息 » 生物信息學分析
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[求助]
生物信息學分析 已有3人參與
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| 求教有關(guān)酶基因的生物信息學分析的流程及方法，越詳細越好，我對這方面不是很通。雖然金幣少了點，不過等我下次攢多了再多發(fā)點，多謝多謝，感激不盡。 |
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 生物信息學 |
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凌波麗
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【答案】應助回帖
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930111(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵回帖交流 2014-07-09 09:32:23
930111(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵回帖交流 2014-07-09 09:32:23
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實際上預測真核基因的結(jié)構(gòu)有很多種預測方法和免費的網(wǎng)站。 具體請參見： 薛慶中 等編著，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具，科學出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因結(jié)構(gòu)的預測，其中有GENSCAN（針對基因組ＤＮＡ序列預測可讀框和基因結(jié)構(gòu)）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 的操作介紹，還有CpGplot（CpG島預測）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html ,PromoterScan（啟動子區(qū)域i預測）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan 的介紹。也介紹了 用軟件CodonW 計算基因密碼子偏好性，CodonW 能夠在Windows系統(tǒng)下運行，可以從http://codonw.sourcerforge.net 下載。 基因功能分類可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org 進入界面后在基因功能數(shù)據(jù)庫中搜索目的基因可能的生物學功能，或者特定的生物學功能有哪些基因可能參與。還可以到 Genecards 數(shù)據(jù)庫去查詢 感興趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org . 生物信息學參考書： 1.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)PDF http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下載后即可閱讀。 2.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具_(第三版） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下載后好像無法解壓，樓主試試看吧，至少“DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)”肯定能夠用。 “DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)”都是講的生物信息學數(shù)據(jù)庫和生物信息學軟件的具體應用，很容易看懂并且自己上手操作，不過沒有講述各種算法的原理。 如果要更深入學習生物信息學，建議學習： 1.Pierre Baldi etal.,Bioinformatics------the Machine Learning Approach,MIT press,2001,千萬不要看該書的翻譯版本，翻譯版爛的難以想象，翻譯版就連條件概率的公式的含義都不知道怎么解釋！下載：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1038227&fpage=1&target=blank 2.M.Zvelebil ,J.O.Baum 著（2008），李亦學、郝沛 主譯，理解生物信息學，科學出版社，2012，這本書的英文原版，我還沒有見過，此書內(nèi)容豐富，解析詳細，但是讓人非常不爽的是全書所有的數(shù)據(jù)庫和軟件下載處均未在正文中給出具體網(wǎng)址，而是每章末的參考文獻中給出帶有具體網(wǎng)址的SCI文獻。 3.李霞、李亦學 主編，生物信息學學習指導與習題集，人民衛(wèi)生出版社，2011，現(xiàn)在大陸唯一的一本生物信息學習題解答，包括上機題目中不少也有文字版本的具體解答。 4.M.Michael Gromiha,Protein Bioinformatics:From Sequence to Function,Elsevier,2001. 就先說這些吧，意見僅供參考。 |
11樓2014-07-09 01:40:48
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2樓2014-07-07 23:52:00
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8樓2014-07-09 00:03:19
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9樓2014-07-09 00:42:08
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