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huhaibing123新蟲 (初入文壇)
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[求助]
高通量測序時，針對16S rRNA, 可以測不同的V區(qū)，我們確定V區(qū)的依據(jù)是什么呢？ 已有3人參與
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| 高通量測序時，針對16S rRNA, 可以測不同的V區(qū)，我們確定V區(qū)的依據(jù)是什么呢？ |
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huhaibing123
新蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 獸醫(yī)傳染病學(xué)
3樓2014-07-15 17:25:19
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
huhaibing123: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-07-15 17:25:56
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
huhaibing123: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-07-15 17:25:56
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您可以查看相關(guān)的文獻(xiàn)。根據(jù)不同的測序儀，它們的測序的長度不同，所以您擴(kuò)增的區(qū)域可能有點(diǎn)差別。而且不同V區(qū)的通用引物不同，我們要考慮通用引物的擴(kuò)增效果好不好，這也是您考慮做哪個區(qū)域的考慮因素。您選擇擴(kuò)增區(qū)域的話，可以從通用引起擴(kuò)增效果和區(qū)分效果去判斷做哪個區(qū)域。 從我們以往分析過的大量樣品來看，以V1-V3區(qū)分析效果很不錯。相同樣本V1-V3區(qū)PCR產(chǎn)物電泳檢測亮度最高，且文獻(xiàn)報道反向引物533R擴(kuò)增的特異性及靈敏度更高；其次V1-V3區(qū)較其他V區(qū)長度更長，這樣測序結(jié)果包含的物種的信息量就更大，物種分類的結(jié)果就更準(zhǔn)確。 以上信息供您參考。 |
2樓2014-07-15 16:10:11
4樓2014-07-15 17:35:38
5樓2014-07-15 17:37:32
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