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鐵蟲 (小有名氣)

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[求助] 計算Ni2Si體性質(zhì)的時候出現(xiàn)如下問題，The distance between some ions is very small 已有3人參與

Ni2Si的晶格常數(shù)是7.066 5.009 3.732；正交結(jié)構(gòu)
You have a (more or less) 'large supercell' and for larger cells    |
|    it might be more efficient to use real space projection operators    |
|    So try LREAL= Auto  in the INCAR file.                            |
|    Mind: If you want to do an extremely accurate calculations keep the |
|    reciprocal projection scheme       (i.e. LREAL=.FALSE.)          |
|                                                                            |
-----------------------------------------------------------------------------

LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                            |
|          W W AA RRRRR N N  II  N N GGGG !!!          |
|          W W A  A R R  NN N  II  NN N  G G  !!!          |
|          W W  A A  R R  N N  N  II  N N  N  G    !!!          |
|          W WW W  AAAAAA  RRRRR N  N N  II  N  N N  G  GGG !          |
|          WW  WW  A A  R R N NN  II  N NN  G G             |
|          W W  A A  R R  N N  II  N N GGGG !!!          |
|                                                                            |
|    The distance between some ions is very small                         |
|    please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file             |
|       I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING

這是在嘗試encut的時候出現(xiàn)的，然后就是出不來體系的能量值。求助啊
我采用的贗勢是把Si的贗勢直接粘貼到Ni的贗勢的end of data后面
Kpoint文件是：
AUTO GRID
0
M
5 7 11
0 0 0

POSCAR文件是：
Ni2Si
3.732000000000000
1.893000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
0.000000000000000    1.342000000000000    0.000000000000000
0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
16 8
Direct
  0.0630000000000000 0.3250000000000001 0.2500000000000000
  0.2030000000000000 0.0420000000000000 0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001 0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000 0.7500000000000001
-0.0630000000000000 0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000 0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
  0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
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  0.2030000000000000  -0.0420000000000000 0.7500000000000001
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-0.2030000000000000 0.0420000000000000 0.7500000000000001
  0.3860000000000000 0.2630000000000000 0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000 0.2500000000000000
-0.3860000000000000 0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000 0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000 0.2500000000000000
-0.3860000000000000 0.2630000000000000 0.2500000000000000

INCAR文件是：
SYSTEM =  ni2si BULK

LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.

ISTART=0
ICHARG=2
ALGO=38
PREC=ACCURATE

LPLANE = .TRUE.
NPAR = 16
LSCALU = .FALSE.
NSIM = 4
ISIF=4
NSW=50
IBRION=2

#ISPIN=2

ENCUT=$i（從300嘗試到700）
ISMEAR=-5
SIGMA=0.2

求大牛幫我看看有啥問題，我自己也在查書看看怎么解決，是不是這個晶體本身不能算？

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1樓 2014-07-16 09:42:14

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guobinwang

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★
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lsllx: 金幣+4, ★★★很有幫助 2014-07-18 10:17:43

你把POSCAR導(dǎo)出來，用看圖軟件看一下圖，應(yīng)該是有兩個（或多個）原子重疊了。如果原子數(shù)不是特別多的話你可以把每個原子標(biāo)號后一個一個找出來看看。應(yīng)該就是上邊所說的原因。但愿能辦到你。

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空中雄鷹，陸地猛虎，水中蛟龍

2樓2014-07-16 20:26:05

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KalaShayminS

鐵桿木蟲 (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

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lsllx: 金幣+4, ★★★很有幫助 2014-07-18 10:17:55

POSCAR錯誤。有很多原子的第二排坐標(biāo)是(1/3兩列一樣）
-0.0420000000000000
+0.0420000000000000

這明顯距離太近了。

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3樓2014-07-16 23:39:14

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倔強的堅果墻

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★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lsllx: 金幣+2 2014-07-18 10:18:07

你POSCAR寫錯了，原因就在于你應(yīng)該是構(gòu)造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢還是單胞的基矢（Ni2Si的晶格常數(shù)是7.066 5.009 3.732），只需要把這個基矢乘以你擴展的超胞就行了

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像小強一樣活著

4樓2014-07-17 10:59:16

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2樓: Originally posted by guobinwang at 2014-07-16 20:26:05
你把POSCAR導(dǎo)出來，用看圖軟件看一下圖，應(yīng)該是有兩個（或多個）原子重疊了。如果原子數(shù)不是特別多的話你可以把每個原子標(biāo)號后一個一個找出來看看。應(yīng)該就是上邊所說的原因。但愿能辦到你。

先謝謝了，我是用ISCD導(dǎo)出的晶體如圖所示

但是我不知道怎么修改，還想再請教一下

計算Ni2Si體性質(zhì)的時候出現(xiàn)如下問題，The distance between some ions is very small

無標(biāo)題.png

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5樓2014-07-18 10:13:33

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4樓: Originally posted by 倔強的堅果墻 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR寫錯了，原因就在于你應(yīng)該是構(gòu)造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢還是單胞的基矢（Ni2Si的晶格常數(shù)是7.066 5.009 3.732），只需要把這個基矢乘以你擴展的超胞就行了

謝啦，我還是自己從文獻找原子坐標(biāo)然后搞起吧

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6樓2014-07-18 10:16:04

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謝啦，我還是自己從文獻找原子坐標(biāo)然后搞起吧

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7樓2014-07-18 10:16:23

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抱歉只設(shè)置了10個金幣

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8樓2014-07-18 10:18:23

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謝啦，以后希望多請教你，感覺應(yīng)該自己構(gòu)建算了

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9樓2014-07-18 10:19:20

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