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ebaiao123銀蟲 (小有名氣)
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水稻-利用高通量測(cè)序技術(shù)使用多重目的片段富集的方法
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利用高通量測(cè)序技術(shù)使用多重目的片段富集的方法-----水稻檢測(cè)稀有突變體 一、 服務(wù)簡(jiǎn)介： 本服務(wù)是一種高效、經(jīng)濟(jì)、準(zhǔn)確的檢測(cè)水稻稀有突變的服務(wù)，所采用技術(shù)為將多重半巢式PCR的富集方法和第二代測(cè)序技術(shù)的建庫(kù)過(guò)程相結(jié)合，在盡可能少PCR擴(kuò)增的循環(huán)數(shù)、降低人為引入的點(diǎn)突變的數(shù)量的基礎(chǔ)上，高效、特異地同時(shí)富集多個(gè)目標(biāo)片段。本服務(wù)內(nèi)容包含對(duì)模擬混合池中真實(shí)突變頻率的樣本進(jìn)行建庫(kù)和富集，然后進(jìn)行Illumina測(cè)序。本方法得到的第二代數(shù)據(jù)中的測(cè)序錯(cuò)誤頻率顯著降低，能夠區(qū)分真實(shí)突變與測(cè)序錯(cuò)誤。 我們建立了6144份水稻中花11 M2 DNA疊氮化納突變體群體。利用本技術(shù)用36個(gè)目標(biāo)片段（250bp/片段），已篩選了4個(gè)8×8×8的三維混合樣品池（2048個(gè)群體），經(jīng)過(guò)我們一套完整的數(shù)據(jù)分析，最后獲得了33個(gè)突變體， 與同類研究相比，PCR是操作簡(jiǎn)易、成本低且易于與NGS建庫(kù)相結(jié)合的目標(biāo)片段富集的方法。例如，毛細(xì)管電泳（Capillary electrophoresis,CE）目前正逐步取代Li-cor，成為主要的對(duì)TILLING群體進(jìn)行突變體檢測(cè)的方法。 此技術(shù)是由TILLING（Target Induced Local Lesions IN Genomes）技術(shù)上研究的基于二代測(cè)序的方法，所以本技術(shù)也是一種典型的反向遺傳學(xué)技術(shù)，與同類的反向遺傳學(xué)技術(shù)（RNAi, T-DNA，基因敲除，CRISPR等）相比具有一定的優(yōu)勢(shì)：1、具有高通量，2、不用轉(zhuǎn)基因，3、突變體的后代遺傳穩(wěn)定等優(yōu)勢(shì)。 二、 技術(shù)優(yōu)勢(shì)： (一) 本技術(shù)與毛細(xì)管電泳技術(shù)相比有一定的優(yōu)勢(shì)： 1. 減少對(duì)目標(biāo)片段進(jìn)行富集的PCR循環(huán)數(shù)； 2. 有利于多個(gè)引物在同一反應(yīng)體系中的均勻擴(kuò)增； 3. 避免對(duì)內(nèi)含子區(qū)域的富集，使富集區(qū)域的設(shè)計(jì)更為靈活； 4. 適于結(jié)合高準(zhǔn)確率的建庫(kù)方法，有較大的發(fā)展空間。 (二) 在數(shù)據(jù)分析方面的優(yōu)勢(shì)： 1. 在進(jìn)行統(tǒng)計(jì)推斷前去除大部分噪音數(shù)據(jù)，提高數(shù)據(jù)中真實(shí)突變的數(shù)據(jù)的比例，進(jìn)而降低檢測(cè)的錯(cuò)誤率； 2. 過(guò)程簡(jiǎn)單，計(jì)算量��； 3. 準(zhǔn)確性高。 三、 技術(shù)路線  四、 信息分析 1. 原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾 2. G-A和C-T SNP的分析 3. 摘除序列及坐標(biāo)位置，確定目標(biāo)片段的突變體 五、 結(jié)果展示  六、 送樣要求 需要完整的基因組的序列或目標(biāo)片段的序列，并指出基因的結(jié)構(gòu)。明確標(biāo)明序列中感興趣的區(qū)域。 七、 適用領(lǐng)域 1、對(duì)誘變?nèi)后w中的稀有突變體的篩選 2、在大群體中對(duì)目標(biāo)位點(diǎn)的基因型的檢測(cè)，用以驗(yàn)證GWAS或外顯子組測(cè)序的結(jié)果 3、在人類群體樣本中檢測(cè)人類疾病的遺傳位點(diǎn) 北京中生柏奧生物科技有限公司 電話：010-60606805 郵箱：ebaiao@163.com 網(wǎng)址：www.ebaiao.com |
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2014-07-23 16:00:22, 412.9 K
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ebaiao123
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2樓2014-07-30 12:15:02
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