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wanghang2007銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教maxquant 搜出5000多個蛋白，如何計算其中膜蛋白的比例？
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請教各位大蝦， 小弟在做人細胞的全蛋白組學鑒定。maxquant 搜出500多個蛋白，想知道其中膜蛋白的比例，有什么數(shù)據(jù)庫可以算得？不需要5000個蛋白一個個比對的。 maxquant 搜出得數(shù)據(jù)格式舉例如下： Protein IDs Majority protein IDs Peptide counts (all) Peptide counts (razor+unique) Peptide counts (unique) Protein names Gene names Fasta headers Proteins Peptides Razor + unique peptides Unique peptides Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths A0AV56;B7ZLP6;Q15424;Q15424-2;F5GZU3;B7Z2F6;K7EII0;K7ES42 A0AV56;B7ZLP6;Q15424;Q15424-2;F5GZU3;B7Z2F6 27;27;27;25;23;22;4;3 27;27;27;25;23;22;4;3 15;15;15;13;11;10;3;3 Scaffold attachment factor B1 SAFB * 8 27 27 15 31 31 18.1 102.85 917 917;916;915;848;747;759;153;106 專家、大蝦們們有誰知道具體怎么怎么搜膜蛋白的比例？  |
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minganyang
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- 性別: GG
- 專業(yè): 化學生物學與生物有機化學
2樓2015-11-13 21:23:12
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