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[求助]
求助blast+本地化參數(shù)問題 已有1人參與
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在blast+本地化的參數(shù)中，有一個(gè)是-outfmt 。6，7，10可以自帶后面的內(nèi)容 （Options 6, 7, and 10 can be additionally configured to produce a custom format specified by space delimited format specifiers） The supported format specifiers are: qseqid means Query Seq-id qgi means Query GI qacc means Query accesion sseqid means Subject Seq-id sallseqid means All subject Seq-id(s), separated by a ';' sgi means Subject GI sallgi means All subject GIs sacc means Subject accession sallacc means All subject accessions qstart means Start of alignment in query qend means End of alignment in query sstart means Start of alignment in subject send means End of alignment in subject qseq means Aligned part of query sequence sseq means Aligned part of subject sequence evalue means Expect value bitscore means Bit score score means Raw score length means Alignment length pident means Percentage of identical matches nident means Number of identical matches mismatch means Number of mismatches positive means Number of positive-scoring matches gapopen means Number of gap openings gaps means Total number of gaps ppos means Percentage of positive-scoring matches frames means Query and subject frames separated by a '/' qframe means Query frame sframe means Subject frame 請(qǐng)問在輸入放入時(shí)候，怎么寫 -outfmt 7 后面怎跟？ 還有-num_description , -num_alig ,-max-target 這些參數(shù)的具體含義？ 最主要 我想在比對(duì)結(jié)果中只留下最好的哪一個(gè)，那個(gè)參數(shù)？ |
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yuehedou
木蟲 (小有名氣)
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2樓2014-08-15 09:07:04
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