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lao7金蟲 (正式寫手)
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[求助]
DNA堿基和苯環(huán)類結(jié)構(gòu)對(duì)接優(yōu)化出錯(cuò)？ 已有1人參與
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在用DNA和苯環(huán)結(jié)構(gòu)進(jìn)行分子對(duì)接，根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道，苯環(huán)應(yīng)該插入到DNA內(nèi)堿基間，和上下堿基平行。起先用Autodock對(duì)接，但只能把苯環(huán)對(duì)接到DNA溝槽中，而不是堿基之間，后來(lái)改用手動(dòng)在chemoffice3D里對(duì)接，插入到DNA堿基之間后，運(yùn)行ORCA進(jìn)行結(jié)構(gòu)的優(yōu)化，但總是報(bào)錯(cuò)（代碼：16384），根據(jù)已往經(jīng)驗(yàn)，這個(gè)代碼是初始結(jié)構(gòu)不合理，只要移動(dòng)一下兩分子之間距離即可，但堿基之間空間有限，移動(dòng)距離顯然余地太��？請(qǐng)問(wèn)以前做過(guò)類似實(shí)驗(yàn)的朋友，遇到這種情況如何處理，以保證后續(xù)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化能夠順利進(jìn)行？ （PS：加大循環(huán)步到500也不行） 謝謝！~ |
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已經(jīng)有27人回復(fù)
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2樓2014-10-01 07:40:00
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