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stevenkkk木蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gaussian與Gromacs聯(lián)用
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求助： 有點小分子需要用Gaussian算，用pop=mk得出RESP電荷后，轉(zhuǎn)為Gromacs跑動力學。這個小分子不是殘基，也不是小配體，它是簡單的一個有機小分子，用Gromacs來研究這個小分子的動力學，比如它與水的相互作用。該怎么實現(xiàn)呢？ 我在Gaussian計算得到小分子的log文件，用什么方法或軟件，直接生產(chǎn)Gromacs的起始文件，來進行動力學模擬。 我計劃用OPLS-AA/L，跑與水相互作用的動力學，該分子可以加熱到100多度也沒問題。 |
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 gromacs |
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