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hbond/dreiding/lj相關(guān)計(jì)算
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先運(yùn)行oh.in，再運(yùn)行ohre.in進(jìn)行rerun。研究ohre.in和結(jié)果。 ohre.in文件如下： dimension 3 units metal boundary p p p atom_style full neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes read_data coh.data bond_style harmonic bond_coeff 1 13.878 1.410 bond_coeff 2 23.983 0.96 bond_coeff 3 13.878 1.410 bond_coeff 4 23.983 0.96 angle_style harmonic angle_coeff 1 2.1684 109.5 angle_coeff 2 2.3853 108.5 angle_coeff 3 2.1684 109.5 angle_coeff 4 2.3853 108.5 dihedral_style opls dihedral_coeff 1 0.1160 -0.1250 0.0445 0.0 dihedral_coeff 2 0.1160 -0.1250 0.0445 0.0 #dielectric 1.0 #kspace_style pppm 1.0e-6 pair_style hybrid/overlay airebo 2.5 1 1 lj/cut 10.0 hbond/dreiding/lj 4 3.3 3.5 150 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C NULL NULL NULL NULL pair_coeff 1 2 none pair_coeff 1 2 lj/cut 0 3.50 pair_coeff 1 3 lj/cut 0.0046 3.31 pair_coeff 1 4 lj/cut 0 3.31 pair_coeff 2 3 lj/cut 0 3.31 pair_coeff 2 4 lj/cut 0.0046 3.31 pair_coeff 1 5 lj/cut 0.0016 2.1954 pair_coeff 1 6 lj/cut 0 2.1954 pair_coeff 2 5 lj/cut 0 2.1954 pair_coeff 2 6 lj/cut 0.0016 2.1954 pair_coeff 3 3 lj/cut 0.0074 3.12 pair_coeff 4 4 lj/cut 0.0074 3.12 pair_coeff 3 4 lj/cut 0 3.12 pair_coeff 3 5 lj/cut 0.0025 2.0054 pair_coeff 3 6 lj/cut 0 2.0054 pair_coeff 4 5 lj/cut 0 2.0054 pair_coeff 4 6 lj/cut 0.0025 2.0054 pair_coeff 5 5 lj/cut 8.6738e-4 0.8909 pair_coeff 6 6 lj/cut 8.6738e-4 0.8909 pair_coeff 5 6 lj/cut 0 0.8909 pair_coeff 3 4 hbond/dreiding/lj 5 i 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150 pair_coeff 3 4 hbond/dreiding/lj 6 j 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150 region r1 block INF INF INF INF INF 0.3 units box region rt block INF INF INF INF 0.3 INF units box group group2 region r1 group group1 region rt variable fg1x equal fcm(group1,x) compute hb all pair hbond/dreiding/lj variable nhb equal c_hb[1] variable ehb equal c_hb[2] compute gg2 group1 group/group group2 timestep 0.001 thermo_style custom v_fg1x c_gg2[1] c_hb[2] c_gg2 thermo 1 rerun coh.dump dump x y z vx vy vz ix iy iz box no 1、group1 包含原子類(lèi)型 1,3,5。group2 包含原子類(lèi)型 2,4,6。 2、bond/angle/dihedral 是 group1 或 group2 內(nèi)部作用。 3、group1 和 group2 之間只有 hbond/dreiding/lj 作用。 4、無(wú)外力。 5、variable fg1x equal fcm(group1,x) 和 compute gg2 group1 group/group group2 的結(jié)果為什么不一樣？ compute hb all pair hbond/dreiding/lj 和 compute gg2 group1 group/group group2 得到的能量有什么關(guān)系？是一部分嗎？ fg1x gg2[1] hb[2] gg2 -0.26078056 0.068249515 -1.1930503 -0.78975531 -0.9591668 0.047818212 -1.4279895 -0.80196775 -0.98344781 0.029496808 -1.4659098 -0.80584598 -0.97878567 0.013287859 -1.4980585 -0.80407161 -0.93969166 0.019469678 -1.5237638 -0.80046352 -0.86897216 0.022923407 -1.5414305 -0.79845355 -0.77782396 0.021246764 -1.549718 -0.79996216 -0.68174755 0.015051052 -1.5484882 -0.80483706 -0.59494213 0.0049977361 -1.5388899 -0.81090889 -0.52521538 -0.0072240828 -1.5229889 -0.81482867 -0.4721573 -0.015303847 -1.5035062 -0.81353129 6、把 pair_coeff 3 4 hbond/dreiding/lj 5 i 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150 注釋掉， 結(jié)果是有氫鍵作用，但group/group結(jié)果為0。這是為什么？ fg1x gg2[1] hb[2] gg2 -0.19016095 0 -0.40329497 0 -0.88982777 0 -0.62602174 0 -0.91450677 0 -0.66006377 0 -0.90743726 0 -0.69398685 0 -0.86298851 0 -0.72330024 0 -0.78508871 0 -0.74297691 0 -0.6863355 0 -0.7497558 0 -0.58321373 0 -0.74365119 0 -0.49026671 0 -0.72798105 0 -0.41523376 0 -0.70816023 0 -0.35762304 0 -0.6899749 0 請(qǐng)大家指點(diǎn)。 |
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- 附件 2 : coh.data
2014-08-25 19:22:52, 904.84 K
2014-08-25 19:22:52, 12.76 K
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2樓2014-09-01 11:00:55
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