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gn02530640銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
[NAMD] 在立方盒子裡面插入多條多肽鏈
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小弟是初學(xué) NAMD 的新手，我想請(qǐng)問若我現(xiàn)在想在一個(gè)立方盒子里面加入10個(gè)相同的多肽鏈(假設(shè))，實(shí)際上該怎么操作? 以下是我目前想到的方法： 1. 在.conf文件里輸入多個(gè)psf文件和pdb文件 我查了一下發(fā)現(xiàn)這似乎不可行，.conf的的structure和coordinates欄位似乎一次只能讀取一個(gè)psf文件和pdb文件 2. 在pdb文件里一次寫入10個(gè)多肽鏈的坐標(biāo) 這是我目前在嘗試的方法，我是先用 Material Studio 把多肽鏈的分子畫出來(lái)，然后直接復(fù)制貼上10次弄出10條相同的多肽鏈。 問題是這樣產(chǎn)生的pdb文件似乎會(huì)產(chǎn)生奇怪而且不合理的鍵結(jié)，即使把pdb文件里的connect訊息全刪掉也是一樣。 另外就是復(fù)制貼上的這10條多肽鏈彼此都靠的太近了，不曉得會(huì)不會(huì)對(duì)之后的動(dòng)力學(xué)模擬造成影響? 不知各位蟲友有沒有更好的方法? 小弟先在此謝過 |
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gn02530640
銀蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2014-11-18 16:32:47
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