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aini_1314新蟲 (初入文壇)
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請教幾個和Protein Thermal Shift( ThermoFluor)有關(guān)的問題,有對RT-PCR了解的也可以 已有2人參與
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背景簡介(做過的可以略過): Protein Thermal Shift( ThermoFluor),就是測蛋白質(zhì)熱轉(zhuǎn)變穩(wěn)定性的一種技術(shù),屬于RT-PCR技術(shù)的一種衍生用法。可以高通量的對蛋白進(jìn)行篩選,蛋白與配體的相互作用等。具體信息可以參見wiki百科。http://en.wikipedia.org/wiki/Thermal_Shift_Assay A thermal shift assay, also called Differential Scanning Fluorimetry (DSF) is a thermal-denaturation assay that measures the thermal stability of a target protein and a subsequent increase in protein melting temperature upon binding of a ligand to the protein. Life公司也推出了相關(guān)的產(chǎn)品: http://www.lifetechnologies.com/ ... -thermal-shift.html 具體原理可以簡單的理解為,蛋白有疏水區(qū)結(jié)構(gòu),隱藏在內(nèi)部,在溫度上升時,蛋白的結(jié)構(gòu)會被打開,暴露出疏水區(qū),熒光染料Sypro Orange就可以與該區(qū)域進(jìn)行結(jié)合,并被激發(fā)熒光。在有配體(小分子)結(jié)合的情況下,蛋白穩(wěn)定性會上升,表現(xiàn)為熔解溫度的上升(>4℃)。 實驗過程: 本實驗中使用的是Bio-rad 公司的RT-PCR儀,利用CFX Manager(Data Analysis)生成的數(shù)據(jù)如圖所示: 左圖為蛋白熔解曲線,右圖為對溫度求導(dǎo)曲線(負(fù)值)。 在實驗中設(shè)置了對照組,即圖中紅色線,加入配體(小分子)后的實驗曲線為綠色線。 問題1,為何實驗組的熔解曲線峰值偏低? 問題2,從該熔解曲線看,是否可以認(rèn)為蛋白與小分子有相互作用? 問題3(略業(yè)余),Bio-rad公司給出的分析程序為何要將導(dǎo)數(shù)曲線取負(fù)值? 問題4,在類似的有熒光的反應(yīng)中,如果反應(yīng)體系中出現(xiàn)沉淀,是否會造成熒光值的劇烈變化?(數(shù)量級的變化) |

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