 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 19 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2753 | 回復(fù): 18 | |||
Movchan金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
|
[交流]
Affymetrix表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)如何跨平臺(tái)比較？探針如何對(duì)應(yīng)？
|
||
|
比如我用GPL570平臺(tái)，Affymetrix HG-U133_Plus_2做的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，找出了異常表達(dá)的基因探針。但是我又需要查找這些探針在GPL96平臺(tái)，HG-U133A下的對(duì)應(yīng)探針，即跨平臺(tái)探針比較。 我現(xiàn)在的做法是利用Affymetrix網(wǎng)站的Query Search，先把HG-U133_Plus_2的探針找出對(duì)應(yīng)的Gene Symbol，然后再反過(guò)來(lái)找對(duì)應(yīng)的HG-U133A探針�？墒沁@里面出現(xiàn)一個(gè)問(wèn)題，就是兩個(gè)平臺(tái)的探針不再是一一對(duì)應(yīng)關(guān)系。當(dāng)然，它們可以不一一對(duì)應(yīng)，可問(wèn)題是當(dāng)出現(xiàn)一個(gè)HG-U133_Plus_2的探針對(duì)應(yīng)于多個(gè)HG-U133A探針時(shí)，是全部留下還是如何取舍呢？從Affymetrix網(wǎng)站“Home > Support > Microarray Technical Documentations > Array Comparison ”找了一圈，說(shuō)是探針比較可以有Good match和Best match。如果能對(duì)上Best match那當(dāng)然是好，可是不屬于這兩種情況下，又該怎么看比較結(jié)果呢？ 總之一句話(huà)，我就是想把HG-U133_Plus_2的探針對(duì)應(yīng)到HG-U133A，如何做到？出現(xiàn)一對(duì)多的情況下，如何取舍？ 因?yàn)楸救藙偨佑|表達(dá)譜，不知道我的問(wèn)題是不是很業(yè)余，請(qǐng)海涵，謝謝指教！  |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線(xiàn)
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有278人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專(zhuān)業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
邵陽(yáng)學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 數(shù)字基因表達(dá)譜后續(xù)工作
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 有沒(méi)有人做過(guò)植物基因表達(dá)譜？怎么從公司給出的分析結(jié)果中挖掘數(shù)據(jù)呢？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 下載芯片數(shù)據(jù)后，如何制作自己所需基因的表達(dá)譜？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 基因芯片表達(dá)譜分析領(lǐng)域會(huì)過(guò)時(shí)淘汰嗎？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【資料】Affymetrix基因表達(dá)譜芯片操作指南（中文版）
已經(jīng)有124人回復(fù)
- 【求助/交流】基因芯片哪個(gè)公司做得好？多少錢(qián)一張？
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 生物信息學(xué)專(zhuān)題－生物版，醫(yī)學(xué)版和信息科學(xué)版共同創(chuàng)建
已經(jīng)有87人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
西安征結(jié)婚女友
+1/282
-
三峽大學(xué)生態(tài)學(xué)招碩士調(diào)劑
+2/154
-
西南科大輻射防護(hù)材料課題組接收材料與化學(xué)背景碩士研究生
+3/107
-
青島大學(xué)功能紡織品與先進(jìn)材料研究院2026碩士研究生招生調(diào)劑
+1/91
-
2026年武漢紡織大學(xué)國(guó)家杰青課題組招收調(diào)劑化學(xué) 生物 醫(yī)學(xué) 食品 環(huán)境研究生
+1/89
-
沈陽(yáng)理工大學(xué)化學(xué)工程學(xué)碩和專(zhuān)碩調(diào)劑招生
+1/88
-
南通大學(xué)國(guó)家級(jí)人才團(tuán)隊(duì)招收衛(wèi)生檢驗(yàn)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)相關(guān)方向調(diào)劑研究生
+1/43
-
艾里卡特 (Alicat) - 燃料電池測(cè)試系統(tǒng)與質(zhì)量流量和壓力儀表
+3/37
-
煙臺(tái)大學(xué)精準(zhǔn)材料高等研究院26年材料方向研究生招生
+1/37
-
安徽工程大學(xué)化學(xué)與環(huán)境工程學(xué)院對(duì)外招收2026級(jí)調(diào)劑碩士研究生
+1/36
-
汕頭大學(xué)海洋與生命學(xué)科李升康教授團(tuán)隊(duì)招收生物類(lèi)調(diào)劑生
+1/20
-
階段性壓力
+2/12
-
機(jī)械求調(diào)劑 讀研還想學(xué)機(jī)械
+1/10
-
☆ ☆ 中山大學(xué)附屬第七醫(yī)院肖芷潔課題組誠(chéng)招分子醫(yī)學(xué)方向碩士生（調(diào)劑生） ☆ ☆
+1/6
-
211/雙一流---石河子大學(xué)---有機(jī)化學(xué)方向招調(diào)劑生
+1/6
-
墨子實(shí)驗(yàn)室理論計(jì)算和模擬研究組誠(chéng)聘海內(nèi)外優(yōu)秀人才
+1/5
-
昆工 輕工 招收調(diào)劑
+1/3
-
南開(kāi)大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院王鑫教授課題組招收申請(qǐng)考核制博士生
+1/3
-
292求調(diào)劑
+1/3
-
廣東唯一石化院�！Y源與環(huán)境專(zhuān)碩招生
+1/1
niu.bi
木蟲(chóng) (文壇精英)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 4058.7
- 帖子: 11433
- 在線(xiàn): 103.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1705439
2樓2014-09-08 16:21:00
b729
金蟲(chóng) (文壇精英)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 5982.6
- 帖子: 11669
- 在線(xiàn): 137.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1616568
3樓2014-09-08 16:24:28
匿名
用戶(hù)注銷(xiāo) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
- 金幣: 6371.2
- 帖子: 2774
- 在線(xiàn): 708.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 0
★
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
 本帖僅樓主可見(jiàn) |
8樓2014-09-08 16:51:18
bullfrog325
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- MolEPI: 1
- 應(yīng)助: 193 (高中生)
- 金幣: 2880.3
- 帖子: 744
- 在線(xiàn): 269.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1864929
★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
西門(mén)吹雪170: 金幣+4, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-09-10 09:31:24
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
西門(mén)吹雪170: 金幣+4, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-09-10 09:31:24
|
樓主需要各個(gè)平臺(tái)每個(gè)探針的序列（很容易找到的）， 讓后重新比對(duì)回最新的基因組。因?yàn)椴煌钠脚_(tái)上面探針的數(shù)量，長(zhǎng)度，以及設(shè)計(jì)時(shí)基因組序列的信息會(huì)不一樣。如果平臺(tái)A某個(gè)的探針比對(duì)回基因組上時(shí)出現(xiàn)一對(duì)多情況， 要看探針的長(zhǎng)度， 如果探針長(zhǎng)度短（～50bp), 你可以保留并且信號(hào)平均分配給各個(gè)比對(duì)結(jié)果處， 如果探針長(zhǎng)度長(zhǎng)（>300bp）, 我建議你舍掉它。 然后再對(duì)基因組分區(qū)， 再每各平臺(tái)各分析一次雜交信號(hào)結(jié)果。這樣所有平臺(tái)的雜交信號(hào)都能統(tǒng)一起來(lái)了。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
Movchan17樓2014-09-08 21:45:40
Movchan
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1397.6
- 帖子: 900
- 在線(xiàn): 106.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 410528
18樓2014-09-09 10:14:59
dxh86412
銅蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 13 (小學(xué)生)
- 金幣: 180.8
- 帖子: 49
- 在線(xiàn): 42.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2003142
19樓2015-06-22 02:46:05
簡(jiǎn)單回復(fù)
dmbb4樓
2014-09-08 16:28
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
怕哦哦哦5樓
2014-09-08 16:32
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
假大空6樓
2014-09-08 16:33
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
2014-09-08 16:34
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
2014-09-08 16:53
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
Jameskelly10樓
2014-09-08 16:57
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
霏凡蕊兒11樓
2014-09-08 17:03
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
sighthill12樓
2014-09-08 17:06
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
xiejf13樓
2014-09-08 17:15
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
1
star_zhang14樓
2014-09-08 17:18
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
syhorchid15樓
2014-09-08 17:30
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
SCI-ICS16樓
2014-09-08 17:33
回復(fù)
Movchan(金幣+2): 謝謝參與
祝福
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 Movchan 的主題更新
| 19 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +6 | 深V宿舍吧 2026-03-29 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑 +22 | RichLi_ 2026-03-25 | 22/1100 |
|
|
|
[考研] 一志愿雙一流機(jī)械285分求調(diào)劑 +4 | 幸運(yùn)的三木 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +5 | 小懶蟲(chóng)不懶了 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 初試270分 求調(diào)劑 +8 | 谷雨上岸 2026-03-23 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +8 | Li李魚(yú) 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑 +8 | AZMK 2026-03-25 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分 +5 | dongfang59 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 352分 化工與材料 +5 | 海納百川Ly 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +10 | jjjjjjjjjjl 2026-03-27 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿南京師范大學(xué)303求調(diào)劑 +3 | zzffylgg 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院-光纖傳感課題組招生-中國(guó)科學(xué)院大學(xué)、深圳理工大學(xué)聯(lián)培 +5 | YangTyu1 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 085602 289分求調(diào)劑
+8
|
WWW西西弗斯 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分 求相關(guān)專(zhuān)業(yè)調(diào)劑名額 +4 | 袁奐奐 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化315 求調(diào)劑 +3 | akrrain 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 085404電子信息284分求調(diào)劑
+4
|
13659058978 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[論文投稿] 急發(fā)核心期刊論文 +3 | 賢達(dá)問(wèn)津 2026-03-23 | 5/250 |
|