yangmou

木蟲 (小有名氣)

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[求助] 一個四原子自由基COONa怎么也優(yōu)化不出來了�。。。�！已有2人參與

輸入文件
%mem=4GB
%nprocshared=8
%chk=COONa-2.chk
#p opt=calcall freq=noraman ub3lyp/6-311+g(d,p) nosymm
scf=(qc,maxcycle=365,tight)

COONa

0 2
C
O                1          B1
O                1          B2 2          A1
Na                3          B3 1          A2 2          D1 0

B1          1.24377491
B2          1.24386992
B3          2.42551046
A1          133.73088482
A2          81.25155496
D1          21.67057927

最后輸出：
Maximum Force          0.111497    0.000450    NO
RMS    Force          0.045425    0.000300    NO
Maximum Displacement       NaN    0.001800    YES
RMS    Displacement       NaN    0.001200    YES
Predicted change in Energy=       NaN
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                        Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic    Atomic          Coordinates (Angstroms)
Number    Number    Type          X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       6          0          NaN       NaN       NaN
   2       8          0          NaN       NaN       NaN
   3       8          0          NaN       NaN       NaN
   4       11          0          NaN       NaN       NaN
---------------------------------------------------------------------
                  Distance matrix (angstroms):
                  1       2       3       4
   1  C 0.000000
   2  O 0.000000 0.000000
   3  O 0.000000 0.000000 0.000000
   4  Na 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
Small interatomic distances encountered:    2    1    3    1    3    2    4    1    4    2
Small interatomic distances encountered:    4    3
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /public1/software/gaussian09/g09/l202.exe at Sat Sep  6 11:09:40 2014.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 55.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    83 Int=    0 D2E=    0 Chk=    2 Scr=    2

我用了各種基組和加不同關(guān)鍵詞就是總遇到這個錯誤，構(gòu)型也調(diào)整過了，也換過不同機器。
這是我投稿的一篇文章里計算出來的裂解產(chǎn)物COONa自由基。我原來算出來的是這種構(gòu)型：

所以我認為COONa會解離為CO2和Na原子，不能穩(wěn)定存在。審稿人說可以出現(xiàn)這種穩(wěn)定構(gòu)型：

并且給我列出了詳細的圖和幾何參數(shù)，計算出來的頻率（上圖）。我就是怎么也優(yōu)化不出審稿人說的構(gòu)型，為什么啊，求救啊 ��；啊； �。。。。�！

那位牛人幫我用 cbs-qb3 geom=connectivity nosym scf=(tight,maxcycle=5000)方法算一下啊，多謝了啊

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1樓 2014-09-09 10:24:51

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yangmou

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引用回帖:

9樓: Originally posted by zhou2009 at 2014-09-11 08:40:29
對不起，我看錯了，坐標是對的。既然有好的對稱性，不必加nosymm。

不加nosymm

也計算不出來呢，優(yōu)化后原子都四散奔逃了，求解救啊，給出ub3lyp/6-311+g(d,p)的能量和零點能矯正值

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10樓2014-09-11 12:05:11

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gauss98

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2樓2014-09-09 12:48:00

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引用回帖:

2樓: Originally posted by gauss98 at 2014-09-09 12:48:00
用B3LYP-D3  6-311+G** 優(yōu)化你的第二個結(jié)果
E(UB3LYP) =  -350.934411163
! R1 R(1,2)                1.2359       -DE/DX = -0.0001             !
! R2 R(1,3)                1.2359 ...

，b3lyp/6-311+g(d,p) 和 cbs-qb3這兩個方法能優(yōu)化出來么，我其他分子都是用的這種方法，所以想一致起來。

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3樓2014-09-09 17:24:11

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gauss98

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yangmou: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-09-10 18:38:06

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4樓2014-09-10 11:13:43

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gauss98

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5樓2014-09-10 11:14:59

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6樓2014-09-10 16:11:48

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6樓: Originally posted by zhou2009 at 2014-09-10 16:11:48
你提問時列出的內(nèi)坐標全是錯的，將坐標在GV中打開就可看見不是你想要的。

為什么是錯誤的呢，我用GV打開沒發(fā)現(xiàn)呢？檢查鍵長和鍵角沒發(fā)現(xiàn)不太合理的地方呢，求指教，確實卡在這里了。

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7樓2014-09-10 22:49:26

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5樓: Originally posted by gauss98 at 2014-09-10 11:14:59
Temperature=             298.150000 Pressure=                      1.000000
E(ZPE)=                   0.010225 E(Thermal)=                   0.014536
E(SCF)=                -349.537821 ...

%mem=4GB
%nprocshared=8
%chk=COONa-2.chk
#p opt=calcall freq=noraman ub3lyp/6-311+g(d,p) nosymm scf=(qc,maxcycle=365,tight)

COONa

0 2
C
O                1          B1
O                1          B2 2          A1
Na                3          B3 1          A2 2          D1 0

B1          1.24377491
B2          1.24386992
B3          2.42551046
A1          133.73088482
A2          81.25155496
D1          21.67057927

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8樓2014-09-10 22:50:32

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