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xxj9618

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[求助] 我想用一個(gè)軟件實(shí)現(xiàn)肽鏈和一個(gè)烷基側(cè)鏈的鏈接已有1人參與

我現(xiàn)在要做一個(gè)模擬，其中要用到的主要物質(zhì)是一條肽鏈，但是這個(gè)肽鏈的側(cè)鏈有一個(gè)烷基基團(tuán)，我想請(qǐng)問(wèn)一下有沒(méi)有什么軟件可以實(shí)現(xiàn)讓一個(gè)側(cè)鏈連在肽鏈上，并且我要生成它的pdb文件

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如何利用pymol標(biāo)記肽鏈上對(duì)應(yīng)的氨基酸啊已經(jīng)有5人回復(fù)

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1樓 2014-09-09 10:54:51

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

還用gromacs干嘛呀，直接弄個(gè)分子編輯軟件就行啊。弄個(gè)schrodinger之類的。
其他人說(shuō)用pymol也能做，不過(guò)我沒(méi)試過(guò)。只要是有“結(jié)構(gòu)編輯”功能的軟件就行。

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2樓2014-09-10 17:10:43

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2樓: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
還用gromacs干嘛呀，直接弄個(gè)分子編輯軟件就行啊。弄個(gè)schrodinger之類的。
其他人說(shuō)用pymol也能做，不過(guò)我沒(méi)試過(guò)。只要是有“結(jié)構(gòu)編輯”功能的軟件就行。

主要我還不太了解這個(gè)領(lǐng)域，我想請(qǐng)問(wèn)一下，這個(gè)schrodinger能實(shí)現(xiàn)用一個(gè)己基取代掉上面的一個(gè)氫嗎？謝謝啦

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3樓2014-09-11 09:22:12

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3樓: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我還不太了解這個(gè)領(lǐng)域，我想請(qǐng)問(wèn)一下，這個(gè)schrodinger能實(shí)現(xiàn)用一個(gè)己基取代掉上面的一個(gè)氫嗎？謝謝啦...

可以的。是個(gè)結(jié)構(gòu)編輯軟件，都可以弄得。工作過(guò)程就是，把你的肽鏈結(jié)構(gòu)文件載入，用結(jié)構(gòu)編輯功能，去掉相應(yīng)位置的氫原子，再加上一個(gè)烴基，做個(gè)能量最小化啥的，就行了。你問(wèn)問(wèn)你們實(shí)驗(yàn)室用的是哪個(gè)結(jié)構(gòu)編輯軟件，我試一試之后把步驟告訴你，你再用在你自己的肽鏈上。

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4樓2014-09-11 10:11:08

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4樓: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 10:11:08
可以的。是個(gè)結(jié)構(gòu)編輯軟件，都可以弄得。工作過(guò)程就是，把你的肽鏈結(jié)構(gòu)文件載入，用結(jié)構(gòu)編輯功能，去掉相應(yīng)位置的氫原子，再加上一個(gè)烴基，做個(gè)能量最小化啥的，就行了。你問(wèn)問(wèn)你們實(shí)驗(yàn)室用的是哪個(gè)結(jié)構(gòu)編輯軟件， ...

我是我們實(shí)驗(yàn)組第一個(gè)做這個(gè)的，太感謝你了，我都快哭了。。。一直求助無(wú)門。。你會(huì)用autodock vina嗎，如果這個(gè)不行就用你說(shuō)的schrodinger吧，我去下一個(gè)軟件包

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5樓2014-09-11 10:28:59

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5樓: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 10:28:59
我是我們實(shí)驗(yàn)組第一個(gè)做這個(gè)的，太感謝你了，我都快哭了。。。一直求助無(wú)門。。你會(huì)用autodock vina嗎，如果這個(gè)不行就用你說(shuō)的schrodinger吧，我去下一個(gè)軟件包...

autodock vina，我會(huì)用�？墒俏矣浀媚莻€(gè)是拿命令行跑的，沒(méi)有編輯結(jié)構(gòu)的功能吧。

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6樓2014-09-11 16:17:05

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樓主你下載好軟件沒(méi)？我剛才試了一下，你要是安裝schrodinger費(fèi)勁，你弄個(gè)pymol,也行。
pymol，在windows下，先安裝一個(gè)python編譯軟件，就能安裝pymol了。

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7樓2014-09-11 18:28:38

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7樓: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:28:38
樓主你下載好軟件沒(méi)？我剛才試了一下，你要是安裝schrodinger費(fèi)勁，你弄個(gè)pymol,也行。
pymol，在windows下，先安裝一個(gè)python編譯軟件，就能安裝pymol了。

我是在linux下的，pymol我裝好了，我在導(dǎo)入己烷之后就找不到原來(lái)的分子了，其實(shí)是用autodocktools,你會(huì)用嗎。schrodinger我下了但是不知道怎么破解

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8樓2014-09-11 19:15:57

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8樓: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 19:15:57
我是在linux下的，pymol我裝好了，我在導(dǎo)入己烷之后就找不到原來(lái)的分子了，其實(shí)是用autodocktools,你會(huì)用嗎。schrodinger我下了但是不知道怎么破解...

己烷，六個(gè)碳啊，用pymol導(dǎo)入六次甲基，就成了己烷了。autodocktools，我電腦上沒(méi)裝，也從來(lái)沒(méi)用過(guò)。

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9樓2014-09-11 19:32:52

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xxj9618: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 太感謝你了 2014-09-12 08:51:45

你不用導(dǎo)入己烷。用pymol，先導(dǎo)入你的多肽。用鼠標(biāo)右鍵雙擊連接己烷的位點(diǎn)，直到那個(gè)位置的原子變成白色繃帶一樣的球形。如果那個(gè)原子上有氫原子，需要被取代掉，那就右鍵雙擊那個(gè)氫原子。

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10樓2014-09-11 19:35:41

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