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ysn785620774新蟲 (初入文壇)
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關(guān)于TOPHAT安裝問題-沒有Root權(quán)限
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最近剛剛接觸高通量測序，語言基礎(chǔ)幾乎為0，在安裝TOPHAT遇到些問題，我是完全按照TOPHAT的流程進行安裝。主要問題是我沒有Root權(quán)限（實驗室怕我們亂裝東西吧），不能在根目錄下拷貝裝東西，有人告訴我要設(shè)置環(huán)境變量之類的。沒有權(quán)限不能自己在自己的文件夾安裝使用么？ 先寫一下我的操作流程： 一1下載Bowtie 2(2.2.3)并解壓 2進入Bowtie2解壓的文件夾.拷貝文件夾中的bowtie2，bowtie2-build ，bowtie2-inspect 文件到我自己Home目錄下的文件夾/ds3512/home/yangsn/bin 二1下載tophat-2.0.0.Linux_x86_64.tar.gz并解壓 2cd /ds3512/home/yangsn/bin（網(wǎng)頁上要求cd ~/bin，同樣我沒有權(quán)限，所以拷到/ds3512/home/yangsn/bin） 3ln -s ~/tophat-2.0.0.Linux_x86_64/tophat2 .（感覺這步就是在/ds3512/home/yangsn/bin建立了一個TOPHAT2的快捷方式） 三就是Building TopHat from source-Boost 1 下載Boost（1_56_0）解壓并進入文件夾 2 命令./bootstrap.sh 3./bjam --prefix=/ds3512/home/yangsn/local/include link=static \ runtime-link=static stage install（網(wǎng)頁要求Prefix=/usr/local,也是權(quán)限問題） 四Building TopHat from source-SAMTOOLS 1下載samtools-1.0解壓并進入 2make 3出現(xiàn)samtools和 libbam.a文件 4拷貝samtools到/ds3512/home/yangsn/bin（網(wǎng)頁原文是4.Copy the samtools executable to a directory which is in your shell's PATH，但是我不是很理解） 5命令cp ./*.a /ds3512/home/yangsn/local/lib 6創(chuàng)建bam文件夾 即/ds3512/home/yangsn/local/include/bam 7命令cp ./*.h /ds3512/home/yangsn/local/include/bam （5-7步網(wǎng)頁要求是cp *.a /usr/local/lib/ ；mkdir /usr/local/include/bam/；cp *.h /usr/local/include/bam/。也是Permission Denied的問題） 五由于一直不懂環(huán)境變量這類的事，完成上面所說的那些我還做了一件事，但是后面看也沒與什么意義  ，就是寫Export Path(VIM ~/.BASHRC 然后寫了幾個 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/software/bowtie2-2.2.3 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/software/samtools-1.0 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/software/boost_1_56_0 export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/local export PATH=$PATH:/ds3512/home/yangsn/bin，然后Source .bashrc)再重啟了下SSH 8EXPORT命令查看這幾路徑已經(jīng)在PatH中了 六1.下載tophat-2.0.0.tar.gz解壓并進入 2./configure --prefix=/ds3512/home/yangsn/bin --with-boost=/ds3512/home/yangsn/local \ --with-bam=/ds3512/home/yangsn/local 3回車后最后面出現(xiàn)的是 checking for boostlib >= 1.38.0... yes checking for bamlib... configure: error: We could not detect the bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library (still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-bam option. 感覺是SAMTOOL這一步出現(xiàn)問題，一開始我以為我把Boost弄成功了，后來發(fā)現(xiàn)我的版本是1.56.0，所以這個可能是服務(wù)器本身就有，以上就是我進行的全部了。希望有人能指出我的問題所在。 VIM ~/.BASHRC tophat.PNG |
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ysn785620774
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2樓2014-09-15 16:15:58
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