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cyanobacter金蟲 (小有名氣)
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[求助]
求高人指點(diǎn)，用什么命令可以在本地庫(kù)中提取需要的序列文件？ 已有2人參與
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各位蟲友，我最近在分析高通量數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)中有處理組和對(duì)照組的，從sample ID中不能直接區(qū)分（因?yàn)槲业臉悠啡坑?,2,3,4排序的），通過mapping file信息可以分開為Ck和treatment。 我想問的是，通過什么命令可以從我的庫(kù)序列中分別把treatment和CK的序列提取出來，分別作分析？ |
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liuderong
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 我不太理解你的問題，不知道數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)是怎樣的。你可以截圖幾組Ck和treatment的數(shù)據(jù)讓我看一下嗎？最好是能標(biāo)明Ck和treatment有差異的地方。 |
2樓2014-09-11 08:54:17
cyanobacter
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就是這樣的，我的樣品當(dāng)時(shí)測(cè)的時(shí)候就編號(hào)為D1，D2，D3這樣，但是，這三個(gè)樣品分別屬于三個(gè)不同的處理，如圖中mapping file里所示。 得到的高通量數(shù)據(jù)也是根據(jù)編號(hào)排的，現(xiàn)在我想做把不同處理的數(shù)據(jù)分開進(jìn)行單獨(dú)分析。我看qiime里有一個(gè)filter程序好像是可以剔除不需要的序列，它需要把不需要的序列ID做成一個(gè)TXT文件，然后根據(jù)TXT文件來剔除序列，但是我做的時(shí)候總是報(bào)錯(cuò)，總說我的sampleID有問題。 請(qǐng)幫忙看一下，用什么程序可以做這件事，就是從庫(kù)里提取部分需要的序列生成另外的庫(kù)，進(jìn)行分析。 無標(biāo)題.png |
3樓2014-09-11 10:48:31
liuderong
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你用的是不是unix系統(tǒng)啊？你說的好多名詞我都不懂！以你截圖的數(shù)據(jù)為例，我對(duì)你的問題是這樣理解的：圖中表格一共有5列，你希望根據(jù)最后一列treatment將表格分成control、treatment1、treatment2這3個(gè)部分，每一個(gè)部分都保存到新的表格里，分類結(jié)果是D1和D5獨(dú)立成一個(gè)文件，D2、6、7、8成另一個(gè)文件，其他的再一個(gè)文件。如果我理解得沒錯(cuò)的話，那我自己會(huì)用MySQL或者perl來分類，我不知道你們用什么軟件管理數(shù)據(jù)庫(kù)的，所以不清楚你所說的代碼或者指令。 |
4樓2014-09-11 11:29:51
cyanobacter
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5樓2014-09-11 11:39:27
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6樓2014-09-11 12:57:11
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