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yiren98木蟲 (正式寫手)
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[求助]
蛋白組學(xué)實(shí)驗(yàn)中，蛋白鑒定需要搜庫，如何下載NCBI nr-Green plant數(shù)據(jù)庫 已有1人參與
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抱歉，以前在線mascot的時(shí)候可以選擇NCBInr數(shù)據(jù)庫，現(xiàn)在換了地方做蛋白組，需要下載到本地建庫。。我在NCBI網(wǎng)站找了半天，不知道如何下載綠色植物總庫？特向大神求教， |
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hwd6218554
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【答案】應(yīng)助回帖
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yiren98: 金幣+10, ★★★很有幫助, 感謝，我知道庫挺大的。 2014-10-04 09:56:03
yiren98: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 謝謝 2014-10-04 15:19:05
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| http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxo ... de=1&unlock 這個(gè)地方可以下載，但是綠色植物蛋白庫很大，你下載過程中可能會(huì)中斷；也可以通過FTP下載，但如果你沒有搜庫軟件的話也沒必要下載的。 |
2樓2014-10-03 20:02:01
yiren98
木蟲 (正式寫手)
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有搜庫軟件，如果用ftp下載，我沒找到單獨(dú)的綠色植物總庫啊，是不是下載所有的nr庫，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/，在這個(gè)里面下載nr.gz？謝謝 |
3樓2014-10-04 09:55:44
hwd6218554
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nr.gz 這個(gè)是NCBI蛋白質(zhì)全庫，ftp內(nèi)確實(shí)沒有按照物種進(jìn)行分類。如果你要通過ftip下載綠色植物的庫就需要下載全庫，如果你的物種不是很特殊的話，不要用NCBI的庫，NCBI的庫量雖然大但是冗余庫，建議你去下載uniprot的數(shù)據(jù)庫，質(zhì)量很高，http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_sprot.html。 |
4樓2014-10-04 15:01:12
5樓2015-01-05 10:36:51
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