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xxj9618銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
g romacs 計算氫鍵求助
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我用GROMACS進行自由能計算，也想分析一下H鍵作用。但是由于我所要分析的肽鏈一端是用己酸修飾，我就用己酸基取代了氨基算個的一個氫原子，也就少了一個H，導致力場出現(xiàn)問題 Fatal error: Atom HN1 in residue VAL 1 was not found in rtp entry VAL with 10 atoms while sorting atoms. For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it might have had a different number in the PDB file and was rebuilt (it might for instance have been H3, and we only expected H1 & H2). Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus. Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it. Option -ignh will ignore all hydrogens in the input. 我想問下，如果我在這里使用-ignh的話，對后面的氫鍵分析會不會產生什么影響，謝謝大家... |
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