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運行金剛石晶格常數(shù)計算的腳本出錯，請教~
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網(wǎng)上能人給出的計算金剛石晶格常數(shù)的程序： # This input script is used to calculate # the lattice constant of diamond # Powered by Xianbao Duan # Email: xianbao.d@gmail.com # Website: http://www.52souji.net/ units metal boundary p p p atom_style atomic variable i loop 20 #variable x equal 2.5+0.1*$i variable x equal 3.5+0.01*$i # build the model lattice diamond $x region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 1 box create_atoms 1 box # specify the potential pair_style tersoff pair_coeff * * SiC.tersoff C mass 1 12 variable n equal count(all) variable P equal pe/$n #variable v equal vol timestep 0.005 thermo 10 # minimize the total energy min_style cg minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 print "@ $x $P" # loop clear next i jump in.diamond 帖子地址：http://www.52souji.net/how-to-ca ... stant-using-lammps/ ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 下面是我操作的返回信息+我是將in文件內(nèi)容直接粘貼到雙擊打開的lmp_serial里運行得…… ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ LAMMPS (11 Sep 2014-ICMS) WARNING: OMP_NUM_THREADS environment is not set. (../comm.cpp:88) using 1 OpenMP thread(s) per MPI task units metal boundary p p p atom_style atomic variable i loop 20 variable x equal 3.5+0.01*$i variable x equal 3.5+0.01*1 lattice diamond $x lattice diamond 3.51 Lattice spacing in x,y,z = 3.51 3.51 3.51 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 1 box Created orthogonal box = (0 0 0) to (35.1 35.1 35.1) 1 by 1 by 1 MPI processor grid create_atoms 1 box Created 8000 atoms pair_style tersoff pair_coeff * * SiC.tersoff C mass 1 12 variable n equal count(all) variable P equal pe/$n variable P equal pe/8000 timestep 0.005 thermo 10 min_style cg minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:168) Memory usage per processor = 3.60593 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 -58806.339 0 -58806.339 221109.42 1 0 -58806.339 0 -58806.339 221109.42 Loop time of 0.253015 on 1 procs for 1 steps with 8000 atoms 98.7% CPU use with 1 MPI tasks x 1 OpenMP threads Minimization stats: Stopping criterion = energy tolerance Energy initial, next-to-last, final = -58806.3394422 -58806.3394422 -58806.3394422 Force two-norm initial, final = 1.42961e-011 1.52336e-009 Force max component initial, final = 2.65066e-013 2.7639e-011 Final line search alpha, max atom move = 1 2.7639e-011 Iterations, force evaluations = 1 1 MPI task timings breakdown: Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total --------------------------------------------------------------- Pair | 0.25201 | 0.25201 | 0.25201 | 0.0 | 99.60 Neigh | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00 Comm | 7.4739e-008| 7.4739e-008| 7.4739e-008| 0.0 | 0.00 Output | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00 Modify | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00 Other | | 0.001 | | | 0.40 Nlocal: 8000 ave 8000 max 8000 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 6725 ave 6725 max 6725 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 368000 ave 368000 max 368000 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 368000 Ave neighs/atom = 46 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 print "@ $x $P" @ 3.51 -7.35079243027224 clear WARNING: OMP_NUM_THREADS environment is not set. (../comm.cpp:88) using 1 OpenMP thread(s) per MPI task next i jump in.diamond +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 請問，1 運行方式是不是有誤？ 是運行窗口lmp_serial -in in.diamond？ 還是運行窗口lmp_serial<in.diamond？ 還是復制粘貼到打開的lmp_serial？ 2 帖子說讓把@開頭的對象提取出來，可運行后的log里@行只有一行？ 在線等解答~~~ 是只循環(huán)了一次嗎？為什么in文件末尾的循環(huán)語句沒起作用呢？ 求指導~~~~~~ 或者郵箱聯(lián)系; ytudou@yeah.net |
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