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好好學(xué)習(xí)444銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
新手學(xué)習(xí) KALP15 in DPPC實(shí)例咨詢
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做了是實(shí)例一沒問題，當(dāng)時(shí)很受鼓舞，但在前段時(shí)間按教程做Tutorial 2: KALP15 in DPPC時(shí)，在進(jìn)行到將dppc.pdb文件轉(zhuǎn)換為gro文件卡住了，后面我是用editconf命令轉(zhuǎn)換的，的那個(gè)是接下來的能量最小化過程時(shí)gmx grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr，報(bào)錯(cuò)了， error：Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1# Generated 837 of the 2346 non-bonded parameter combinations ERROR 1 [file dppc.itp, line 112]: No default LJ-14 types ERROR 2 [file dppc.itp, line 113]: No default LJ-14 types ERROR 3 [file dppc.itp, line 114]: No default LJ-14 types ERROR 4 [file dppc.itp, line 115]: No default LJ-14 types ..................................................... ERROR 25 [file dppc.itp, line 136]: No default LJ-14 types ERROR 26 [file dppc.itp, line 137]: No default LJ-14 types ERROR 27 [file dppc.itp, line 138]: No default LJ-14 types ERROR 28 [file dppc.itp, line 139]: No default LJ-14 types ERROR 29 [file dppc.itp, line 140]: No default LJ-14 types Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'DPPC' Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL' 。不知道怎么解決。求各位前輩指導(dǎo)。祝大家身體健康，學(xué)習(xí)進(jìn)步！ |
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2014-09-24 01:18:00, 545.38 K
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2樓2014-10-21 23:56:57
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