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amber跑軌跡，可以選擇性只輸出某幾個(gè)原子的坐標(biāo)信息嗎？
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| 請問 amber里軌跡文件mdcrd，輸出時(shí)可以限定只輸出某幾個(gè)原子的坐標(biāo)信息嗎？比如質(zhì)子轉(zhuǎn)移，H從C1原子轉(zhuǎn)移到C2原子的過程，跑軌跡時(shí)，我輸出文件只輸出C1、C2、H的坐標(biāo)，因?yàn)槲乙筮@三個(gè)動(dòng)態(tài)原子兩兩間的距離在整個(gè)質(zhì)子轉(zhuǎn)移過程中的變化。我了解的有ptraj、cpptraj里distance可以根據(jù)軌跡文件分析距離，除去這個(gè)，在一開始跑軌跡時(shí)，可以進(jìn)行選擇性的輸出某些原子坐標(biāo)信息嗎？ |
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