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清風(fēng)明月P6銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
求一個(gè)LAMMPS里面聚合物適用的拉伸in文件
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最近在做拉伸模擬。自己嘗試著寫了一個(gè)in文件，但是運(yùn)行之后確得不到想要的結(jié)果。。。 我用聚乙烯做的測(cè)試，現(xiàn)在MS里面建好的模型，后來到處轉(zhuǎn)化為lammps文件 在論壇找了好久基本上都是金屬的，求大神給個(gè)高分子可以用的吧。。謝謝了 下面是我的in文件，也不知道問題出在哪里。。附件是得到的輸出文件 #------模擬環(huán)境初始化------ boundary p p p #邊界周期性設(shè)定，周期、周期、自由非周期 units real #模型單元模式設(shè)定為real dimension 3 #幾何維度設(shè)定為3D atom_style full #原子模式設(shè)定為full neighbor 2.0 bin #設(shè)定neighbor截?cái)喟霃?力場(chǎng)截?cái)喟霃剑愃芃S中Buffer width） neigh_modify every 1 delay 0 check yes #------微觀模型的建立------ # 定義原子結(jié)構(gòu) pair_style lj/class2/coul/cut 10.0 9.5 #airebo 3.0 1 0 lj/cut/coul/cut 10.0 #設(shè)定PCFF勢(shì)函數(shù)的對(duì)勢(shì)（類似MS中的Nonbond potential）信息：對(duì)勢(shì)包含相互作用為范德華力和庫(kù)侖力，范德華力和庫(kù)侖力截?cái)喟霃剑愃芃S中Cutoff distance） bond_style class2 #設(shè)定Compass勢(shì)函數(shù)的鍵勢(shì) angle_style class2 #設(shè)定Compass勢(shì)函數(shù)的角勢(shì) dihedral_style class2 #設(shè)定Compass勢(shì)函數(shù)的兩面角勢(shì) improper_style class2 #設(shè)定Compass勢(shì)函數(shù)的兩面角扭轉(zhuǎn)勢(shì) read_data ../bench/20140924/PeDeform.lammps05 #------設(shè)置原子相關(guān)參數(shù)------ velocity all create 300 102486 rot yes dist & gaussian units box #設(shè)定所有原子的速率 # 能量?jī)?yōu)化 minimize 1.0e-7 0 1000000 1000000 #設(shè)置minimize，指定能量收斂值為1.0e-7、力矢量在坐標(biāo)軸上的分量長(zhǎng)度收斂值為0、最大迭代步數(shù)為1000000、計(jì)算力長(zhǎng)度/能量的最大次數(shù)為1000000 #------動(dòng)力學(xué)設(shè)置------ fix NPT all npt temp 300.0 300.0 100 iso 1.0 1.0 1000 #對(duì)整體設(shè)定npt系綜，控溫方法為Nose/Hoover，設(shè)定起始、終止溫度和壓力，衰減常數(shù)（溫度一般取100倍timesteps，這里取100.0，壓力一般取1000倍timesteps，這里取1000.0） #拉伸模擬 reset_timestep 0 region 1 block INF INF INF INF INF 3 units box group low region 1 region 2 block INF INF INF INF 72 INF units box group up region 2 group boundary union low up group mobile subtract all boundary velocity up set 0 0 0.004 velocity low set 0 0 -0.004 # 動(dòng)力學(xué)輸出設(shè)置 thermo 1000 #每1000步輸出一次熱動(dòng)力學(xué)信息（溫度、能量、壓力） thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp thermo_modify lost warn #檢查丟失原子，顯示警報(bào) #fix myrelax all ave/time 1 1000 1000 c_lz c_pxx ../bench/20140924/data/relax_gpc.dat1 timestep 1 #設(shè)定時(shí)間步長(zhǎng)為1fs dump train1 all xyz 1000 ../bench/20140924/g-PEc.xyz #每1000步輸出所有區(qū)間的dcd坐標(biāo)，寫入到g_PE_C.xyz文件中 run 100000 #運(yùn)行10ps |
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2014-09-28 17:19:56, 11.55 K
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