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[交流]
gromacs安裝成功后 所遇到的問題
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安裝gromacs-4.6.1十?dāng)?shù)天，最近終于安裝成功，先安裝了cuda5.5、更新驅(qū)動，（電腦配置較低），后按以下步驟安裝： 已經(jīng)正確安裝軟件 freeglut 和 g++。 安裝 gromacs 之前，需要先安裝 fftw、openmpi 和 cmake。各軟件的安裝版本和規(guī)劃要安裝的目錄如下： 參考博文：http://blog.csdn.net/u011622506/article/details/30460261 由于安裝過程需要對 /usr/bin 目錄進(jìn)行寫操作，建議由管理員用戶進(jìn)行安裝。 使用的軟件包： openmpi-1.6.5.tar.gz cmake-2.8.9.tar gromacs-4.6.5.tar.gz 1. 在用戶的家目錄下建立一個工作目錄 gromacs，將 4 個軟件包拷貝到該目錄下； 2. 在 /opt 目錄下建立 fftw、openmpi、gromacs-4.6.5-cpu 目錄，用于安裝相應(yīng)文件； 3. 安裝及配置openmpi # cd # cd gromacs # tar xvf openmpi-1.6.5.tar.gz # cd openmpi-1.6.5 # ./configure --prefix=/opt/openmpi 由于 openmpi 要安裝在 /opt/openmpi 下，所以 --prefix 指定了目錄。 # sudo make # sudo make install 這時候在 /opt/openmpi 目錄下生成 bin、etc、include、lib 和 share 五個子目錄。 關(guān)掉當(dāng)前終端窗口，重新開啟一個終端窗口。 6. 安裝 cmake # cd # cd gromacs # tar xvf cmake-2.8.9.tar # cd cmake-2.8.9 # ./bootstrap # sudo make # sudo make install 7. 安裝 gromacs # cd .. # tar xvf gromacs-4.6.5.tar.gz # cd gromacs-4.6.5 # mkdir build # cd build # sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON # make # sudo make install #source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC 然后，我下載了一個pdb文件‘1AKI.pdb’，參照‘gromacs tutorial’里的步驟運(yùn)行，發(fā)現(xiàn)：我只有將pdb文件放到上面所建的‘build’文件夾，然后再在上面安裝成功的終端里輸入：pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce ;可以運(yùn)行。如果在新建的終端里輸入：pdb2gmx，卻提示：程序“pdb2gmx” 尚未安裝。提示安裝gromacs。 這是什么原因類？？？ 求大神解答。 |
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