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agent99禁蟲 (正式寫手)
物化程序猿
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[求助]
HREMD怎么分析數(shù)據(jù)？
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我對某個酶體系用AMBER做了二維的QM/MM-HREMD，兩個維度是兩步反應(yīng)的反應(yīng)坐標，exchange的是沿著兩個反應(yīng)坐標設(shè)置的不同的biasing potential，目的是做出二維PMF然后研究反應(yīng)路徑。之前對同樣的體系做了二維umbrella sampling（沒有replica exchange），用2D-WHAM分析輸出的.TRACE文件得到了二維PMF。HREMD的模擬也輸出了.TRACE文件，我用同樣的方法得到的二維PMF和之前的差別不大。兩個維度上exchange成功率分別是14%和9%。 請問對于HREMD模擬的結(jié)果，要做出PMF是否應(yīng)該用其他方法？如果我的做法正確的話，既然純umbrella sampling和umbrella sampling+replica exchange的結(jié)果差不多，那做REMD的意義在哪里呢？ 本人以前主要做量化計算，最近才開始做一些MD，望高手指教！ |
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agent99
禁蟲 (正式寫手)
物化程序猿
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2樓2014-10-07 02:05:00
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