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yjcmwgk禁蟲 (文壇精英)
密度泛函·小卒
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[求助]
用Python讀Gaussian的cube文件，速度很慢，怎么破？謝謝！�。� 已有4人參與
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向各位python大俠求教一個問題，謝謝各位！ 我正在用python讀一個由Gaussian生成的cube文件。但是讀文件讀得非常慢，讀一個6M多的cube文件，居然用了3分鐘！ 具體問題如下： 用cubefile來打開某個cube文件。然后繼續(xù) 我懷疑tmpline = tmplines[i-1]這句話拖累的速度？應(yīng)該如何修改？非常感謝高手幫助��！ 感謝！！ |
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2樓2014-10-04 11:08:58
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【答案】應(yīng)助回帖
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yjcmwgk: 金幣+20, ★有幫助, 非常感謝，我后來用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解決了 2014-10-05 16:10:10
gmy1990: 金幣+3 2014-10-05 18:49:03
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gmy1990: 金幣+3 2014-10-05 18:49:03
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試試這個，看看效果如何： [ code] tmplines = cubefile.readlines() tempstr = "".join(tmplines) #把list轉(zhuǎn)化為str，形式應(yīng)該是'num num ...num\nnum ...' tempstr = tempstr.replace('\n',' ') #把str中的'\n'替換為' ' tmpcubedata = tempstr.split(' ') #把str轉(zhuǎn)為list n=0 numcount=len(tmpcubedata) #list的數(shù)據(jù)總數(shù) for i in tmpcubedata: n+=1 if i%60000==0: print "Converting", cubefilename, "...... ", int(100.0*float(i)/float(numcount)), "%" #if i=="": #tmpcubedata.remove(i) #如果cubefile 文件中中間有空行，則需要這個功能 if tmpcubedata[-1]=="": del tmpcubedata[-1] #如果cubefile 文件以‘num\n‘結(jié)尾 print "Converting", cubefilename, "...... ", "100 %" [ /code] |
3樓2014-10-04 15:23:36
rh1127
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gmy1990: 金幣+2 2014-10-05 18:49:14
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gmy1990: 金幣+2 2014-10-05 18:49:14
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用numpy和pandas模塊兒來處理大型數(shù)組，比只用for循環(huán)速度快幾十倍不止。python自帶的循環(huán)未經(jīng)優(yōu)化，很忌諱來處理大型數(shù)組！ 希望對你有幫助。 |
4樓2014-10-05 09:21:10
magicmonk
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5樓2014-10-05 09:50:45
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【答案】應(yīng)助回帖
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樓主，我親自給你code的標準答案： —————————————————————— import numpy as np import string def readCube2Array(cubeFile): f=open(cubeFile,'r') lines=f.readlines() i=-1 for l in lines: i=i+1 if string.find(l,'E-')>0: break print i #找到第一行你需要存的數(shù)據(jù) s=(''.join(lines[i:])).replace(" "," "  #將所有雙空格換成一個空格s=s.replace("\n"," " #把所有換行符換成單個空格dataArray=np.fromstring(s,dtype=double, sep=' ') #調(diào)用numpy把字符串轉(zhuǎn)成double類型的數(shù)組 return dataArray #返回你要的數(shù)組 filename='test677-ref.cube' #這是我的測試文件，是一個高斯09自帶的cube文件，有九萬多行數(shù)據(jù) dArray=readCube2Array(filename) #這就是你想要的結(jié)果，根本不用看進度，瞬間完成 ——————————這個程序的執(zhí)行時間我也看了———————————————— %timeit dArray=readCube2Array(filename) 30 30 30 30 1 loops, best of 3: 380 ms per loop 大概是380ms就能執(zhí)行完一個cube文件的導(dǎo)出，我覺得絕對比你的程序塊不止幾十倍。 趕緊給分了，有問題給我留言！ |
6樓2014-10-05 14:43:33
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import numpy as np import string def readCube2Array(cubeFile): f=open(cubeFile,'r') lines=f.readlines() i=-1 for l in lines: i=i+1 if string.find(l,'E-')>0: break print i s=(''.join(lines[i:])).replace(" "," " ) s=s.replace("\n"," " ) dataArray=np.fromstring(s,dtype=double, sep=' ') return dataArray filename='test677-ref.cube' dArray=readCube2Array(filename) |
7樓2014-10-05 14:47:08
rh1127
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8樓2014-10-05 14:47:46
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gmy1990: 金幣+3 2014-10-05 18:50:03
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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gmy1990: 金幣+3 2014-10-05 18:50:03
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你的代碼不pythonic，不易讀也很低效， 這里給個例子，不知道是不是你要的功能 def readcube(cubefile): cubedata = [] with open(cubefile) as f: lines = f.readlines() # if cubefile is large, read it in streaming or blocks # handle headers here for line in lines[2:]: for item in line.split(): cubedata.append(eval(item)) return cubedata if __name__ == '__main__': testfile = 'test.cube' data = readcube(testfile) print(len(data)) print(data[:10]) print(data[-10:]) |
9樓2014-10-05 15:29:16
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10樓2014-10-05 19:31:58
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