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xiaoxiao45至尊木蟲 (正式寫手)
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[求助]
berkeleygw 輸入文件問題 已有1人參與
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有哪位大神指導(dǎo)一下berkeleygw中的WFN.in文件lattice vector怎么計(jì)算的嗎？為什么kgrid.x運(yùn)行后bravais lattice和crystal 的space group總是對不上？謝謝了 另外知道晶體的point group: R3c a=b=c= 5.667 alfa=beta=gama=59.17 原子坐標(biāo) 1 Bi，2 Fe，3 O 1 0.00000000 0.00000000 0.00000000 1 0.50000000 0.50000000 0.50000000 2 0.22120000 0.22120000 0.22120000 2 0.72120000 0.72120000 0.72120000 3 0.53500000 0.94000000 0.39400000 3 0.94000000 0.39400000 0.53500000 3 0.03500000 0.89400000 0.44000000 3 0.39400000 0.53500000 0.94000000 3 0.89400000 0.44000000 0.03500000 3 0.44000000 0.03500000 0.89400000 |
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如果用QE算DFT部分，有個(gè)簡便方法。 先進(jìn)行scf計(jì)算，輸出文件中這一部分就是基矢坐標(biāo)： crystal axes: (cart. coord. in units of alat) a(1) = ( 4.582581 4.582581 0.000000 ) a(2) = ( 0.000000 4.582581 4.582581 ) a(3) = ( 4.582581 0.000000 4.582581 ) 這一部分就是同一坐標(biāo)系下的原子坐標(biāo)： Cartesian axes site n. atom positions (alat units) 1 O tau( 1) = ( 2.3756976 2.2068836 2.3756976 ) 2 O tau( 2) = ( 4.6669876 4.4981749 2.3756989 ) 3 O tau( 3) = ( 2.3756989 4.4981749 4.6669876 ) 4 O tau( 4) = ( 4.6669876 6.7894636 4.6669876 ) 5 O tau( 5) = ( 4.4981749 2.3756989 4.4981749 ) 6 O tau( 6) = ( 6.7894636 4.6669876 4.4981749 ) 7 O tau( 7) = ( 4.4981749 4.6669876 6.7894636 ) 8 O tau( 8) = ( 6.7894648 6.9582788 6.7894648 ) 9 Mg tau( 9) = ( 2.2912906 0.0000000 2.2912906 ) 10 Mg tau( 10) = ( 4.5825812 2.2912906 2.2912906 ) 11 Mg tau( 11) = ( 2.2912906 2.2912906 4.5825812 ) 12 Mg tau( 12) = ( 4.5825812 4.5825812 4.5825812 ) 13 Ca tau( 13) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000 ) 14 Ca tau( 14) = ( 2.2912906 2.2912906 0.0000000 ) 15 Ca tau( 15) = ( 0.0000000 2.2912906 2.2912906 ) 16 Ca tau( 16) = ( 2.2912906 4.5825812 2.2912906 ) |
4樓2014-10-06 10:00:31
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你好，感覺還是不行，我把scf的輸入文件給你看看，看看是不是哪出問題了 &control prefix = 'BFO' calculation = 'scf' restart_mode = 'from_scratch' wf_collect = .false. tstress = .true. tprnfor = .true. outdir = './' wfcdir = './' pseudo_dir = './' / &system ibrav = 5 celldm(1) = 10.71 celldm(4) = 0.5125 nat = 10 ntyp = 3 nbnd = 55 ecutwfc = 140.0 / &electrons electron_maxstep = 100 conv_thr = 1.0d-10 mixing_mode = 'plain' mixing_beta = 0.7 mixing_ndim = 8 diagonalization = 'david' diago_david_ndim = 4 diago_full_acc = .true. / ATOMIC_SPECIES Bi 208.98 Bi.UPF Fe 55.845 Fe.UPF O 15.999 O.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal Bi 0.00000000 0.00000000 0.00000000 Bi 0.50000000 0.50000000 0.50000000 Fe 0.22120000 0.22120000 0.22120000 Fe 0.72120000 0.72120000 0.72120000 O 0.53500000 0.94000000 0.39400000 O 0.94000000 0.39400000 0.53500000 O 0.03500000 0.89400000 0.44000000 O 0.39400000 0.53500000 0.94000000 O 0.89400000 0.44000000 0.03500000 O 0.44000000 0.03500000 0.89400000 K_POINTS automatic 5 5 5 1 1 1 |
5樓2014-10-06 10:34:25
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我運(yùn)行scf，然后out文件 crystal axes: (cart. coord. in units of alat) a(1) = ( 0.493710 -0.285044 0.821584 ) a(2) = ( 0.000000 0.570088 0.821584 ) a(3) = ( -0.493710 -0.285044 0.821584 ) site n. atom positions (alat units) 1 Bi tau( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000 ) 2 Bi tau( 2) = ( 0.0000000 -0.0000000 1.2323758 ) 3 Fe tau( 3) = ( 0.0000000 -0.0000000 0.5452030 ) 4 Fe tau( 4) = ( 0.0000000 -0.0000000 1.7775788 ) 5 O tau( 5) = ( 0.0696132 0.2710767 1.5355402 ) 6 O tau( 6) = ( 0.1999527 -0.1958251 1.5355402 ) 7 O tau( 7) = ( -0.1999527 0.3742626 1.1247483 ) 8 O tau( 8) = ( -0.2695659 -0.0752516 1.5355402 ) 9 O tau( 9) = ( 0.4240973 -0.0139671 1.1247483 ) 10 O tau( 10) = ( -0.2241445 -0.3602954 1.1247483 ) 計(jì)算的結(jié)果和前面所設(shè)置的原子坐標(biāo)不一樣，然后我又拿這些原子坐標(biāo)和布拉菲坐標(biāo)放入WFN.in進(jìn)行kgrid.x的計(jì)算 WFN.log的結(jié)果如下 symmetries of the Bravais lattice Space group 166, symbol R-3m r01 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 r02 = 0 0 -1 0 -1 0 -1 0 0 r03 = -1 0 0 0 0 -1 0 -1 0 r04 = 0 1 0 0 0 1 1 0 0 r05 = -1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 r06 = 0 0 1 0 1 0 1 0 0 r07 = 1 0 0 0 0 1 0 1 0 r08 = 0 -1 0 0 0 -1 -1 0 0 r09 = 0 0 -1 -1 0 0 0 -1 0 r10 = 0 1 0 1 0 0 0 0 1 r11 = 0 0 1 1 0 0 0 1 0 r12 = 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 symmetries of the crystal Space group 146, symbol R3 r01 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 r02 = 0 1 0 0 0 1 1 0 0 r03 = 0 0 1 1 0 0 0 1 0 對稱性不是R3c，而且布拉菲對稱和晶體對稱也不一樣 不知道是哪個(gè)地方的原因，麻煩了，幫我看看，謝謝 |
7樓2014-10-06 13:05:50
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計(jì)算的結(jié)果和前面所設(shè)置的原子坐標(biāo)不一樣 ============================================================== 這里的計(jì)算結(jié)果是轉(zhuǎn)換之后的原子坐標(biāo)，而輸入文件中的是分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，肯定不會一樣。 對稱性不是R3c ============================================================== 這個(gè)R3c是從哪里得到的？BerkeleyGW不使用 k ～ -k對稱性，因此可能和其它程序給出的結(jié)果不一樣。我就遇到過和qe結(jié)果不一樣的情況。 而且布拉菲對稱和晶體對稱也不一樣 ============================================================== 這個(gè)上面已經(jīng)提過了。 |
8樓2014-10-06 15:23:14
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我的數(shù)據(jù)是用的是cta Materialia 59 (2011) 4229–4234 原子分?jǐn)?shù)坐標(biāo)是按照Wyckoff position設(shè)置的，對稱性為R3c，然后我把所有的位置數(shù)據(jù)拷貝到WFN.in中，只是不知道lattice vector (WFN.in 文件需要輸入的)怎么計(jì)算, 然后用你所說的方法先算scf（pw.x），進(jìn)而把計(jì)算結(jié)果帶到WFN.in中計(jì)算，得到的WFN.log文件，文件中有布拉菲對稱和晶體對稱性，結(jié)果得不到R3c的結(jié)果，因?yàn)槲腋杏X如果得不到所需要的結(jié)果，那么后面得到約化的K-point是不是也不對。 那么接來的wfn_q和wfn_co就無法計(jì)算了。 所以，這幾天一直糾結(jié)著這問題，頭發(fā)又掉不少，不知道liqizuiyang遇到過此類問題沒？ 求幫忙指條明路 |
9樓2014-10-06 18:07:31
xiaoxiao45
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