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[求助] Abinit網(wǎng)站中最新的PAW贗勢庫如何處理已有1人參與

請問Abinit網(wǎng)站中最新的PAW贗勢庫，下載下來的贗勢的格式為.xml，怎么將其轉(zhuǎn)化為可用于計(jì)算的格式？

C{RK%2U0@V79P]}FPTY$6]7.png

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1樓 2014-10-07 17:26:15

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lidx123: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝，試一下 2014-10-08 13:27:55

舊版的ABINIT不支持，得用AtomPAW提供的，新版直接用就行。

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2樓2014-10-07 19:45:52

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引用回帖:

2樓: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-07 19:45:52
舊版的ABINIT不支持，得用AtomPAW提供的，新版直接用就行。

但是我試著裝了最新版的7.8.2
結(jié)果計(jì)算時(shí)出現(xiàn)：
administrator@ubuntu:~/lidx/js123$ abinit < tpaw.files > tmp-log

--- !ERROR
message: |
Cannot use LibXC functional because ABINIT is not compiled with LibXC !
src_file: m_pawpsp.F90
src_line: 4712
...
這是怎么回事？

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3樓2014-10-08 22:03:53

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引用回帖:

3樓: Originally posted by lidx123 at 2014-10-08 22:03:53
但是我試著裝了最新版的7.8.2
結(jié)果計(jì)算時(shí)出現(xiàn)：
administrator@ubuntu:~/lidx/js123$ abinit < tpaw.files > tmp-log

--- !ERROR
message: |
Cannot use LibXC functional because ABINIT is not ...

編譯ABINIT的時(shí)候要包括libxc。

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4樓2014-10-08 22:25:35

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4樓: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-08 22:25:35
編譯ABINIT的時(shí)候要包括libxc。...

具體如何編譯，能否給出具體命令？
或者如何安裝libxc？

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5樓2014-10-08 23:01:43

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

5樓: Originally posted by lidx123 at 2014-10-08 23:01:43
具體如何編譯，能否給出具體命令？
或者如何安裝libxc？...

參見程序自己的說明，configure的時(shí)候加上選項(xiàng)
--with-dft-flavor=libxc

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6樓2014-10-08 23:16:02

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6樓: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-08 23:16:02
參見程序自己的說明，configure的時(shí)候加上選項(xiàng)
--with-dft-flavor=libxc...

已經(jīng)下載了libxc
# ./configure --with-dft-flavor=libxc
#make
#make install
但是在# ./configure --with-dft-flavor=libxc時(shí)，出現(xiàn)configure: WARNING: unrecognized options: --with-dft-flavor
接下來的make,出現(xiàn)：
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
接著make install時(shí)，出現(xiàn)錯(cuò)誤
administrator@ubuntu:~/lidx/libxc-2.0.1$ sudo make install
[sudo] password for administrator:
Making install in build
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/lib/pkgconfig'
/usr/bin/install -c -m 644 libxc.pc '/opt/etsf/lib/pkgconfig'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
Making install in src
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make  install-am
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make[3]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/lib'
/bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libxc.la '/opt/etsf/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libxc.lai /opt/etsf/lib/libxc.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libxc.a /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: install: chmod 644 /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: install: ranlib /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: finish: PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/sbin" ldconfig -n /opt/etsf/lib
----------------------------------------------------------------------
Libraries have been installed in:
/opt/etsf/lib

If you ever happen to want to link against installed libraries
in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and
specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR'
flag during linking and do at least one of the following:
- add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable
   during execution
- add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable
   during linking
- use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag
- have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf'

See any operating system documentation about shared libraries for
more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages.
----------------------------------------------------------------------
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/include'
/usr/bin/install -c -m 644 xc.h xc_config.h '/opt/etsf/include'
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/include'
/usr/bin/install -c -m 644 xc_funcs.h libxc_funcs_m.mod xc_f90_lib_m.mod xc_f90_types_m.mod '/opt/etsf/include'
make[3]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
Making install in testsuite
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/include'
/usr/bin/install -c -m 644 xc_version.h '/opt/etsf/include'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
administrator@ubuntu:~/lidx/libxc-2.0.1$

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7樓2014-10-08 23:43:51

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libxc不是單獨(dú)裝的，是在abinit的configure的時(shí)候加上的選項(xiàng)。

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8樓2014-10-09 00:22:13

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8樓: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-09 00:22:13
libxc不是單獨(dú)裝的，是在abinit的configure的時(shí)候加上的選項(xiàng)。

請問在abinit的configure的時(shí)候
命令為：./configure --with-dft-flavor=libxc
但是make時(shí)，出現(xiàn)一下錯(cuò)誤：
make[3]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2

sudo make install時(shí)，出現(xiàn)：
nit-test/doc/help_make'
make[3]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
/usr/bin/install -c -d -m 755 /usr/local/lib/pkgconfig
/usr/bin/install -c -m 644 -m 644 config.pc \
/usr/local/lib/pkgconfig/abinit.pc
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'

請問這怎么解決，是不是需要把“l(fā)ibxc”文件放在什么地方，再進(jìn)行configure？

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9樓2014-10-09 17:35:04

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★ ★ ★ ★
lidx123: 金幣+4, ★★★很有幫助, 還有就是，利用2013.9月產(chǎn)生的XML贗勢就不會(huì)出現(xiàn)此錯(cuò)誤信息了。 2014-10-13 16:12:02

引用回帖:

9樓: Originally posted by lidx123 at 2014-10-09 17:35:04
請問在abinit的configure的時(shí)候
命令為：./configure --with-dft-flavor=libxc
但是make時(shí)，出現(xiàn)一下錯(cuò)誤：
make: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make: Leaving director ...

這不是錯(cuò)誤，是正常結(jié)束信息。

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10樓2014-10-10 19:25:50

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