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wungung金蟲 (初入文壇)
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[求助]
GMX動(dòng)力學(xué)一直跑不起來(lái)，急求幫助！ 已有1人參與
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各位師兄師姐，急求Gromacs跑動(dòng)力學(xué)的幫助！ 我跑的是雙層脂質(zhì)分子膜，已經(jīng)進(jìn)行了能量最小化，并且Fmax已經(jīng)降到了100以內(nèi)。 之后跑長(zhǎng)程動(dòng)力學(xué)一直提示這個(gè)錯(cuò)誤，并且降低步長(zhǎng)、核數(shù)仍然無(wú)法解決。 嘗試跑位置限制動(dòng)力學(xué)，把脂質(zhì)的位置固定，也出現(xiàn)同樣的錯(cuò)誤。 不知這個(gè)該如何解決啊！求各位師兄師姐幫忙解決一下。非常感謝！ newscreen1495395460.jpg |
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angjzy
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2樓2014-10-14 21:58:19
angjzy
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如果你設(shè)置的總核數(shù)就是4個(gè)，那么應(yīng)該沒(méi)有問(wèn)題，就是沒(méi)有分給PME計(jì)算的核 那就還是系統(tǒng)沒(méi)有最小化好 對(duì)照下面鏈接，檢查錯(cuò)誤 http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group |
5樓2014-10-14 22:42:49
angjzy
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6樓2014-10-14 22:47:40
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10樓2014-10-16 11:52:59
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在一些教程中，equilibration大概相當(dāng)于讓體系先跑一段時(shí)間的動(dòng)力學(xué)，它跟能量最小化的差別，原理上說(shuō)不明白，但表觀上，equilibration的運(yùn)行時(shí)間要比能量最小化長(zhǎng)一些。我也是瞎支招，如果equilibration和能量最小化不是一回事，而問(wèn)題出在沒(méi)有equilibration上，一味做能量最小化也解決不了吧。 官網(wǎng)給出的解決方法確實(shí)，基本說(shuō)的都是能量最小化，沒(méi)怎么提equilibration。 |
12樓2014-10-17 09:07:38
wungung
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3樓2014-10-14 22:03:17
wungung
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4樓2014-10-14 22:04:42
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送紅花一朵 |
師兄您好！我之前按照Gromacs官網(wǎng)里面Errors的指導(dǎo)修改了參數(shù)設(shè)置，仍然有這個(gè)問(wèn)題。 我確實(shí)已經(jīng)將能量最小化進(jìn)行了很多遍，能量Fmax在70-80左右，Epot在4*10e-5了，如果是能量最小化的問(wèn)題，不知該怎樣繼續(xù)降低能量啊？ 下面是我進(jìn)行位置限制動(dòng)力學(xué)（res.mdp）和長(zhǎng)程動(dòng)力學(xué)（md.mdp）的mdp文件，還是麻煩師兄幫忙看一下，有沒(méi)有問(wèn)題…… 非常感謝您的幫助！ |
7樓2014-10-15 08:43:47
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8樓2014-10-15 22:32:28
wungung
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9樓2014-10-16 09:46:44
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