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keke_1210木蟲 (小有名氣)
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[求助]
amber 配體各基團(tuán)與受體之間的能量分析
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我是想算下配體小分子各基團(tuán)與受體之間的自由能差，比較各個(gè)官能團(tuán)的對(duì)藥物修飾的差異，可是在網(wǎng)上查的好像只能用amber9。一直不太清楚amber開發(fā)為什么把a(bǔ)nal這個(gè)程序包在amber10之后就給去掉了，覺得還挺有用的，也不知道amber12里有沒有整合進(jìn)這個(gè)功能，還有為什么給去掉了？對(duì)比了amber9和amber12手冊(cè)的anal部分，對(duì)于anal的介紹都是相似的，amber12中，appendix中B GROUP Specification進(jìn)行了介紹，挺納悶的有介紹沒程序。想問下各位在遇到此問題的時(shí)候是怎么解決的？ 看文獻(xiàn)里，有人用namd將藥物分子分成了幾個(gè)fragment進(jìn)行了與受體的能量分析。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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2樓2018-01-28 17:25:02
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