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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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DL_POLY_4中的并行設(shè)置：Domain decompostion和link-cell decomposition
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包含兩種分子，約7萬(wàn)個(gè)原子的氣體體系（300K, 0.5 MPa), 用DL_POLY_4計(jì)算。 box的尺寸是43*43*45nm， 這是根據(jù)PV=nRT計(jì)算圓整后的尺寸. 在OUTPUT文件中出現(xiàn)以下內(nèi)容： I/O read method: parallel by using MPI-I/O (assumed) I/O readers (assumed) 15 I/O read batch size (assumed) 2000000 I/O read buffer size (assumed) 20000 I/O parallel read error checking off (assumed) I/O write method: parallel by using MPI-I/O (assumed) #從這里開(kāi)始到下面五行，為什么跟前面六行是一樣的？這是因?yàn)橛袃煞N分子嗎？ I/O write type: data sorting on (assumed) I/O writers (assumed) 60 I/O write batch size (assumed) 2000000 I/O write buffer size (assumed) 20000 I/O parallel write error checking off (assumed) node/domain decomposition (x,y,z): 4 5 6 link-cell decomposition 1 (x,y,z): 5 4 3 warning issued 100 *** warning - link cell algorithm has a link cell dimension that is < 4 !!! *** *** DL_POLY_4 RUNNING IN LOW EFFICIENCY MODE !!! *** 請(qǐng)問(wèn) （1） link cell是什么？ （2）demain decomposition （簡(jiǎn)寫(xiě)為DD）是并行計(jì)算的一種算法，目的是將一個(gè)大的任務(wù)劃分成若干相等的子空間。請(qǐng)問(wèn)能否通過(guò)CONTROL文件來(lái)控制DD的劃分方法？ （3）link cell與domain decomposition有什么關(guān)系？ （4）怎樣設(shè)置才能讓link cell dimension >=4? |
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4樓2014-11-09 20:24:14
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5樓2014-11-09 20:56:41
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