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海韻315

銀蟲 (小有名氣)

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[求助] CPMD 畫圖

本人剛開始用CPMD，看手冊里有畫圖的部分，一個都弄不出來啊，望行家指教！！
1：xmgrace是怎么用的��？我下載好了，安裝了打開后不知道怎么把數(shù)據(jù)導(dǎo)進(jìn)去，坐標(biāo)怎么改？需要把數(shù)據(jù)弄成什么格式才能導(dǎo)入呢？
2：在day2 中有一句“We use the program gx.x that reads the TRAJEC.xyz file and calculated the RDF. Just running the program prints a description of the input file. Compare this we the provided input file gofrin. Now run the program gx.x gofrin "這是什么意思�。縢x.x是干什么用的？怎么利用gofrin畫TRAJEC.xyz的圖呢？
3:cpmd2cube.x是用來把文件轉(zhuǎn)換成cube或pdb格式，再在molekel里畫圖的，但這個cpmd2cube.x這個可執(zhí)行文件是怎么產(chǎn)生的呢？這個壓縮文件我是有的。

再次感謝大家啊�。�！

回復(fù)此樓

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石河子大學(xué)（211、雙一流）碩博研究生長期招生公告已經(jīng)有3人回復(fù)

新的人生從此開始

1樓 2014-10-19 20:19:20

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

abinitio

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專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
管轄: 分子模擬

xmgrace 是在linux下的一個畫圖軟件，是在xwindows界面下的，使用ssh遠(yuǎn)程登錄方式只能使用命令行格式。在圖形界面上，打開xmgrace后，在data-import處可以導(dǎo)入文本文件，也就是坐標(biāo)文件。

關(guān)于day2中的gx.xy文件，應(yīng)該是和cpmd2cube一樣，是cpmd帶的小工具程序？如果是，也需要編譯

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回復(fù)此樓

2樓2014-12-19 14:54:44