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10樓: Originally posted by peterrjp at 2014-10-21 21:25:14
那個腳本是利用|符號來分割每行數(shù)據(jù)的，對于你的文件2，腳本會取出分割后的第2（gi號）和第5個（蛋白名稱）區(qū)段放進輸出結(jié)果里
如果要正常運行，必須確保這個規(guī)則是適用于每一行。你多貼一些文件2的內(nèi)容出來看看吧 ...

謝謝回復(fù)
我的文件1中確實有重復(fù)的數(shù)據(jù)，但是我又不想對重復(fù)項進行刪除，希望pl結(jié)果也是包含重復(fù)的。因為雖然文件1相同，但是它對應(yīng)的我的基因不同。
文件2就是NR數(shù)據(jù)庫，整個數(shù)據(jù)庫有11G左右，沒法傳啊。
另外，我想輸出的結(jié)果第一列是嚴格的遵循.txt里的數(shù)據(jù)，比如1文件中的gi|571510024|ref|XP_006596207.1|，不希望輸出結(jié)果是571510024。但這個影響不大。

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回復(fù)此樓

11樓2014-10-21 21:56:23

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引用回帖:

>gi|67472372|sp|P0A7T7.2|RS18_ECOLI RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli K-12]gi|67472373|sp|P0A7T8.2|RS18_ECOL6 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli CFT073]gi|67472374|sp|P0A7T9.2|RS18_ECO57 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli O157:H7]gi|67472375|sp|P0A7U0.2|RS18_PHOLL RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1]gi|67472376|sp|P0A7U1.2|RS18_SALTI RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi]gi|67472377|sp|P0A7U2.2|RS18_SHIFL RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Shigella flexneri]gi|75505387|sp|Q57GI9.1|RS18_SALCH RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67]gi|81677980|sp|Q5PJ56.1|RS18_SALPA RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150]gi|123047658|sp|Q0SX84.1|RS18_SHIF8 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Shigella flexneri 5 str. 8401]gi|123084302|sp|Q1R358.1|RS18_ECOUT RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli UTI89]gi|123343273|sp|Q0T9J1.1|RS18_ECOL5 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli 536]gi|123728279|sp|Q31TD3.1|RS18_SHIBS RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Shigella boydii Sb227]gi|123728458|sp|Q328J7.1|RS18_SHIDS RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Shigella dysenteriae Sd197]gi|123759489|sp|Q3YUE5.1|RS18_SHISS RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Shigella sonnei Ss046]gi|166220942|sp|A8AMJ6.1|RS18_CITK8 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Citrobacter koseri ATCC BAA-895]gi|166220951|sp|A7MM78.1|RS18_CROS8 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Cronobacter sakazakii ATCC BAA-894]gi|166220955|sp|A6THB3.1|RS18_KLEP7 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578]gi|167011188|sp|A7ZV73.1|RS18_ECO24 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli E24377A]gi|167011189|sp|A8A7U8.1|RS18_ECOHS RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli HS]gi|167011190|sp|A4W5T1.1|RS18_ENT38 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Enterobacter sp. 638]gi|189029651|sp|A9N520.1|RS18_SALPB RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B str. SPB7]gi|189029677|sp|B1IT04.1|RS18_ECOLC RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli ATCC 8739]gi|189029686|sp|A9MFK9.1|RS18_SALAR RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. arizonae serovar 62:z4,z23:-]gi|226735113|sp|B7MLK7.1|RS18_ECO45 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli S88]gi|226735114|sp|B7NTQ7.1|RS18_ECO7I RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli IAI39]gi|226735115|sp|B7M9G4.1|RS18_ECO8A RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli IAI1]gi|226735116|sp|B7NGD6.1|RS18_ECOLU RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli UMN026]gi|226735117|sp|B1LQM1.1|RS18_ECOSM RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli SMS-3-5]gi|226735119|sp|B7LLY4.1|RS18_ESCF3 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia fergusonii ATCC 35469]gi|229559983|sp|B6I2A8.1|RS18_ECOSE RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli SE11]gi|229559984|sp|B2VCV9.1|RS18_ERWT9 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Erwinia tasmaniensis]gi|229559986|sp|B5Z2K7.1|RS18_ECO5E RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli O157:H7 str. EC4115]gi|229559987|sp|B1XDV2.1|RS18_ECODH RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B]gi|229560040|sp|B5Y306.1|RS18_KLEP3 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Klebsiella pneumoniae 342]gi|229560053|sp|B4F277.1|RS18_PROMH RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Proteus mirabilis HI4320]gi|229560058|sp|B5F3B9.1|RS18_SALA4 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483]gi|229560059|sp|B5FSA3.1|RS18_SALDC RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853]gi|229560060|sp|B5R0S0.1|RS18_SALEP RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. P125109]gi|229560061|sp|B5R9F0.1|RS18_SALG2 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum str. 287/91]gi|229560062|sp|B4TFD7.1|RS18_SALHS RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476]gi|229560063|sp|B4T3F3.1|RS18_SALNS RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254]gi|229560064|sp|B5BKL1.1|RS18_SALPK RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. AKU_12601]gi|229560065|sp|B4TT35.1|RS18_SALSV RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633]gi|229560074|sp|B2TY75.1|RS18_SHIB3 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Shigella boydii CDC 3083-94]gi|254765429|sp|B7UQL1.1|RS18_ECO27 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69]gi|254765430|sp|B7LCR3.1|RS18_ECO55 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli 55989]gi|254765431|sp|B7MST2.1|RS18_ECO81 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli ED1a]gi|254812953|sp|C0Q6G0.1|RS18_SALPC RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi C str. RKS4594]gi|259494808|sp|C4ZR79.1|RS18_ECOBW RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli BW2952]gi|259494809|sp|C5BF78.1|RS18_EDWI9 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Edwardsiella ictaluri 93-146]
MARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ

這就是其中的某一個蛋白，它對應(yīng)的gi有很多個，因為這些gi是不同的基因或者不同植物的。比如1文件中有g(shù)i號為gi|67472372|sp|P0A7T7.2|RS18_ECOLI，我就想得到RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli K-12]。
大神你的整個pl沒有問題的，就是對重復(fù)項進行刪除會有影響。

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12樓2014-10-21 22:01:44

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peterrjp

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引用回帖:

11樓: Originally posted by 大爺給跪了 at 2014-10-21 21:56:23
謝謝回復(fù)
我的文件1中確實有重復(fù)的數(shù)據(jù)，但是我又不想對重復(fù)項進行刪除，希望pl結(jié)果也是包含重復(fù)的。因為雖然文件1相同，但是它對應(yīng)的我的基因不同。
文件2就是NR數(shù)據(jù)庫，整個數(shù)據(jù)庫有11G左右，沒法傳啊。
另外 ...

按你的要求修改好了，你試試：

#!/usr/bin/perl
my $list_file="11111111.txt";
my $tb_file="nr.txt";
my ($ll,%gi1,%gi2,@f);
open INCLUDE, ">include.txt" || die "Can't open include.txt";
open TMP, $list_file || die "Can't open $list_file";
while($ll = <TMP>

{
chomp $ll;
@f=split/\|/,$ll;
$gi1{$f[1]}++;
$gi2{$f[1]}=$ll;
}
close(TMP);
open(TMP, $tb_file) || die;
while($ll = <TMP>

{
chomp $ll;
@f=split/\|/,$ll;
while ($gi1{$f[1]}){
print INCLUDE "$gi2{$f[1]}\t$f[4]\n";
$gi1{$f[1]}--;
}
}
close TMP;
close INCLUDE;

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13樓2014-10-21 22:07:58

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引用回帖:

12樓: Originally posted by 大爺給跪了 at 2014-10-21 22:01:44
>gi|67472372|sp|P0A7T7.2|RS18_ECOLI RecName: Full=30S ribosomal protein S18 gi|67472373|sp|P0A7T8.2|RS18_ECOL6 RecName: Full=30S ribosomal protein S18 gi|67472374|sp|P0A7T9.2|RS18_ECO57 RecName ...

哎，文件2的格式這么亂啊，兩個gi之間都沒有任何分隔符啊；我還以為每個gi占一行呢，我再改改

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14樓2014-10-21 22:10:47

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引用回帖:

14樓: Originally posted by peterrjp at 2014-10-21 22:10:47
哎，文件2的格式這么亂啊，兩個gi之間都沒有任何分隔符��；我還以為每個gi占一行呢，我再改改...

用notepad打開的，看的時候有個分隔符，如三所示，是大寫的SHO.
而且，同一個gi，從圖中第二個>gi看得出來，可能有多個名字，不同的名字用“；”分開.
哎，反正復(fù)雜的東東

本地化blast注釋后，想從結(jié)果中的Subject Seq-id得到Nr-annotation，求大神指導(dǎo)。

3.jpg

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15樓2014-10-21 22:27:43

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引用回帖:

14樓: Originally posted by peterrjp at 2014-10-21 22:10:47
哎，文件2的格式這么亂啊，兩個gi之間都沒有任何分隔符啊；我還以為每個gi占一行呢，我再改改...

這次基本都ok了，就是。。。。。。。。

本地化blast注釋后，想從結(jié)果中的Subject Seq-id得到Nr-annotation，求大神指導(dǎo)。-1

4.jpg

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16樓2014-10-21 22:55:37

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15樓: Originally posted by 大爺給跪了 at 2014-10-21 22:27:43
用notepad打開的，看的時候有個分隔符，如三所示，是大寫的SHO.
而且，同一個gi，從圖中第二個>gi看得出來，可能有多個名字，不同的名字用“；”分開.
哎，反正復(fù)雜的東東

3.jpg
...

額，怎么又整出蛋白序列來了。
再次修改的代碼如下，如果你要處理的文件2是12樓里的那個（修改時我沒看到你新發(fā)的這個圖，沒去管SOH、蛋白序列啥的），這個腳本應(yīng)該能解決。實在不行，你再優(yōu)化一下文件2吧，格式太亂了。我都看糊涂了

#!/usr/bin/perl

my $list_file="11111111.txt";
my $tb_file="nr.txt";
my ($ll,$i,$nm,%gi1,%gi2,@f,@g);

open INCLUDE, ">include.txt" || die "Can't open include.txt";
open TMP, $list_file || die "Can't open $list_file";

while($ll = <TMP>

{
chomp $ll;
@f=split/\|/,$ll;
$gi1{$f[1]}++;
$gi2{$f[1]}=$ll;
}
close(TMP);

open(TMP, $tb_file) || die;
while($ll = <TMP>

{
chomp $ll;
$ll=~s/\>gi\|//;
@g=split/gi\|/,$ll;
foreach $i (@g) {
@f=split/\|/,$i;
while ($gi1{$f[0]}){
$nm=$f[3];
$nm=~s/.* RecName/RecName/;
print INCLUDE "$gi2{$f[0]}\t$nm\n";
$gi1{$f[0]}--;
}
}
}
close TMP;
close INCLUDE;

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17樓2014-10-21 22:57:28

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我用服務(wù)器跑的，還是很慢啊

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18樓2014-10-21 22:57:41

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這個新的代碼可以過濾掉文件2的蛋白序列，只看>后面的內(nèi)容
蛋白名稱只認RecName及其后面的字符串（后面如果有AltName，也會顯示出來），
perl處理數(shù)據(jù)歸根結(jié)底就是找規(guī)律，總結(jié)出的規(guī)律與事實不符就會出現(xiàn)錯誤。
至于SOH符號，我不知道是啥，留著對結(jié)果應(yīng)該沒什么影響：

#!/usr/bin/perl

my $list_file="11111111.txt";
my $tb_file="nr.txt";
my ($ll,$i,$nm,%gi1,%gi2,@f,@g);

open INCLUDE, ">include.txt" || die "Can't open include.txt";
open TMP, $list_file || die "Can't open $list_file";

while($ll = <TMP>

{
chomp $ll;
@f=split/\|/,$ll;
$gi1{$f[1]}++;
$gi2{$f[1]}=$ll;
}
close(TMP);

open(TMP, $tb_file) || die;
while($ll = <TMP>

{
if($ll=~/^\>gi/) {
chomp $ll;
$ll=~s/\>gi\|//;
@g=split/gi\|/,$ll;
foreach $i (@g) {
@f=split/\|/,$i;
while ($gi1{$f[0]}){
$nm=$f[3];
$nm=~s/.* RecName/RecName/;
print INCLUDE "$gi2{$f[0]}\t$nm\n";
$gi1{$f[0]}--;
}
}
}
}
close TMP;
close INCLUDE;

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19樓2014-10-21 23:06:20

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cbh524674418

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我能問問樓主，圖2所示的文件你是從哪里得到�。课以趺匆恢币舱也坏�0.0

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20樓2015-12-01 18:24:09

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[考研] 268求調(diào)劑 +8	一定有學(xué)上- 2026-03-14	9/450	2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6	墨煜姒莘 2026-03-15	7/350	2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 26考研求調(diào)劑 +6	丶宏Sir 2026-03-13	6/300	2026-03-17 16:13 by 醉在風(fēng)里
[考博] 26申博 +4	八旬速覽 2026-03-16	4/200	2026-03-17 13:00 by 輕松不少隨
[考研] 275求調(diào)劑 +4	太陽花天天開心 2026-03-16	4/200	2026-03-17 10:53 by 功夫瘋狂
[考研] 285化工學(xué)碩求調(diào)劑（081700） +9	柴郡貓_ 2026-03-12	9/450	2026-03-17 10:18 by Sammy2
[考研] 283求調(diào)劑 +3	聽風(fēng)就是雨； 2026-03-16	3/150	2026-03-17 07:41 by 熱情沙漠
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國防/材料導(dǎo)師推薦 +3	尖角小荷 2026-03-16	6/300	2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +4	z1z2z3879 2026-03-14	5/250	2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 330求調(diào)劑 +3	?醬給調(diào)劑跪了 2026-03-13	3/150	2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] ［0860］321分求調(diào)劑，ab區(qū)皆可 +4	寶貴熱 2026-03-13	4/200	2026-03-13 22:01 by 星空星月
[碩博家園] 085600 260分求調(diào)劑 +3	天空還下雨么 2026-03-13	5/250	2026-03-13 18:46 by 天空還下雨么
[考研] 求調(diào)劑 +3	程雨杭 2026-03-12	3/150	2026-03-13 15:06 by JourneyLucky