 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 3005 | 回復(fù): 21 | ||
[求助]
本地化blast注釋后，想從結(jié)果中的Subject Seq-id得到Nr-annotation，求大神指導(dǎo)。 已有1人參與
|
|
如題，現(xiàn)在注釋結(jié)果已經(jīng)出來，其中Subject Seq-id（也就是比對到的nr數(shù)據(jù)庫中的gi）放進(jìn)一個(gè)txt文件中，如圖1。 這時(shí)候，我想根據(jù)這個(gè)txt，把nr數(shù)據(jù)庫（如圖2）中，這些gi所代表的基因的名稱一起找出來，一對一輸入一個(gè)excel中。 如圖2中g(shù)i|67472372|sp|P0A7T7.2|RS18_ECOLI是nr水庫中的，它在txt中，想找出它后的RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli K-12]（對這個(gè)基因的說明和名字）。 圖1.jpg 圖2.jpg |
回復(fù)此樓» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
zhouyanli11» 猜你喜歡
322求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿鄭大材料工程290求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
26考研-291分-廈門大學(xué)（085601）-柔性電子學(xué)院材料工程專業(yè)求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
考研調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
287求調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
材料學(xué)碩333求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
279求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
化工專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
0703化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 生物學(xué)軟件介紹及其下載地址【學(xué)生物的會(huì)很有用】
已經(jīng)有24人回復(fù)
peterrjp
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 65 (初中生)
- 金幣: 24487.5
- 紅花: 16
- 帖子: 2608
- 在線: 67小時(shí)
- 蟲號: 395640
- 注冊: 2007-06-08
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生態(tài)學(xué)
2樓2014-10-21 18:05:07
3樓2014-10-21 19:22:07
peterrjp
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 65 (初中生)
- 金幣: 24487.5
- 紅花: 16
- 帖子: 2608
- 在線: 67小時(shí)
- 蟲號: 395640
- 注冊: 2007-06-08
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生態(tài)學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
大爺給跪了: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-21 20:05:45
大爺給跪了: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-21 20:05:45
|
代碼如下，請粘貼到空白文檔，保存成.pl文件 用法：假設(shè)你的第一個(gè)文件是11111111.txt（你的圖1）, 第二個(gè)文件是nr.txt（你的圖2），雙擊pl腳本，產(chǎn)生的include.txt就是你要的結(jié)果，可以用excel打開，自動(dòng)會(huì)分成兩列，第一列g(shù)i編號，第二列是編碼蛋白名稱 #!/usr/bin/perl my $list_file="11111111.txt"; # 輸入文件1 my $tb_file="nr.txt"; # 輸入文件2 my ($ll,%gi1,@f); open INCLUDE, ">include.txt" || die "Can't open include.txt"; open TMP, $list_file || die "Can't open $list_file"; while($ll = <TMP>  {@f=split/\|/,$ll; $gi1{$f[1]} = 1; } close(TMP); open(TMP, $tb_file) || die; while($ll = <TMP> {chomp $ll; @f=split/\|/,$ll; if ($gi1{$f[1]}){ print INCLUDE "$f[1]\t$f[4]\n"; } } close TMP; close INCLUDE; |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
4樓2014-10-21 19:40:34
5樓2014-10-21 19:53:36
peterrjp
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 65 (初中生)
- 金幣: 24487.5
- 紅花: 16
- 帖子: 2608
- 在線: 67小時(shí)
- 蟲號: 395640
- 注冊: 2007-06-08
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生態(tài)學(xué)
6樓2014-10-21 19:55:18
7樓2014-10-21 20:05:06
|
大神 結(jié)果不對啊 24417280 unknown [Arabidopsis thaliana] 15234745 UDP-D-glucuronate 4-epimerase 1 [Arabidopsis thaliana]gi 15234486 UDP-D-glucuronate 4-epimerase 5 [Arabidopsis thaliana]gi 15293119 putative nucleotide sugar epimerase [Arabidopsis thaliana] 21536982 nucleotide sugar epimerase, putative [Arabidopsis thaliana] 37781356 nematode resistance-like protein [Solanum tuberosum] 而且數(shù)量也不對 |
8樓2014-10-21 21:12:41
|
txt中原數(shù)據(jù)是： gi|571510024|ref|XP_006596207.1| gi|571465848|ref|XP_006583492.1| gi|357514699|ref|XP_003627638.1| gi|657373209|gb|KEH18959.1| gi|357514703|ref|XP_003627640.1| gi|657372565|gb|AET01655.2| gi|571474956|ref|XP_006586404.1| gi|357513781|ref|XP_003627179.1| gi|358344433|ref|XP_003636294.1| gi|357518219|ref|XP_003629398.1| gi|358345567|ref|XP_003636848.1| gi|358343944|ref|XP_003636055.1| gi|358343904|ref|XP_003636035.1| |
9樓2014-10-21 21:16:39
peterrjp
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 65 (初中生)
- 金幣: 24487.5
- 紅花: 16
- 帖子: 2608
- 在線: 67小時(shí)
- 蟲號: 395640
- 注冊: 2007-06-08
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生態(tài)學(xué)
|
那個(gè)腳本是利用|符號來分割每行數(shù)據(jù)的，對于你的文件2，腳本會(huì)取出分割后的第2（gi號）和第5個(gè)（蛋白名稱）區(qū)段放進(jìn)輸出結(jié)果里 如果要正常運(yùn)行，必須確保這個(gè)規(guī)則是適用于每一行。你多貼一些文件2的內(nèi)容出來看看吧（比如那些你認(rèn)為腳本運(yùn)行出錯(cuò)了的行）。或者把兩個(gè)文件發(fā)我郵箱caueducn@yeah.net 還有個(gè)很重要的規(guī)則是，你要確保文件1的gi號都是唯一的；如果gi號不是唯一，或者在文件2并不包含文件1的全部gi號，那么出來的結(jié)果就會(huì)少一些。 |
10樓2014-10-21 21:25:14
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 大爺給跪了 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +6 | @MZB382400 2026-03-28 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +8 | Y-cap 2026-03-29 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703本科鄭州大學(xué)求調(diào)劑 +7 | nhj_ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
[考研] 283求調(diào)劑（080500） +14 | A child 2026-03-27 | 14/700 |
|
|
|
[碩博家園] 求調(diào)劑 有機(jī)化學(xué)考研356分 +10 | Nadiums 2026-03-25 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑 +10 | 景隨風(fēng) 2026-03-29 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分 +11 | 辰沐5211314 2026-03-26 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 318一志愿吉林大學(xué)生物與醫(yī)藥 求調(diào)劑 +5 | 篤行致遠(yuǎn). 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑310 +12 | 溫柔的晚安 2026-03-25 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑 +12 | c297914 2026-03-28 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +4 | liziyeyeye 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑 +8 | AZMK 2026-03-25 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 331環(huán)境科學(xué)與工程求調(diào)劑 +3 | 熠然好運(yùn)氣 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +8 | 小木蟲085600 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大071010，316分求調(diào)劑 +3 | xgbiknn 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +17 | 碩星赴 2026-03-23 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京郵電大學(xué) 288分 材料考研 求調(diào)劑 +3 | jl0720 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分 求相關(guān)專業(yè)調(diào)劑名額 +4 | 袁奐奐 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 277分求調(diào)劑，跨調(diào)材料 +3 | 考研調(diào)劑lxh 2026-03-24 | 3/150 |
|