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本地化blast注釋后，想從結(jié)果中的Subject Seq-id得到Nr-annotation，求大神指導。 已有1人參與
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如題，現(xiàn)在注釋結(jié)果已經(jīng)出來，其中Subject Seq-id（也就是比對到的nr數(shù)據(jù)庫中的gi）放進一個txt文件中，如圖1。 這時候，我想根據(jù)這個txt，把nr數(shù)據(jù)庫（如圖2）中，這些gi所代表的基因的名稱一起找出來，一對一輸入一個excel中。 如圖2中g(shù)i|67472372|sp|P0A7T7.2|RS18_ECOLI是nr水庫中的，它在txt中，想找出它后的RecName: Full=30S ribosomal protein S18 [Escherichia coli K-12]（對這個基因的說明和名字）。 圖1.jpg 圖2.jpg |
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2樓2014-10-21 18:05:07
3樓2014-10-21 19:22:07
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【答案】應(yīng)助回帖
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大爺給跪了: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-21 20:05:45
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代碼如下，請粘貼到空白文檔，保存成.pl文件 用法：假設(shè)你的第一個文件是11111111.txt（你的圖1）, 第二個文件是nr.txt（你的圖2），雙擊pl腳本，產(chǎn)生的include.txt就是你要的結(jié)果，可以用excel打開，自動會分成兩列，第一列g(shù)i編號，第二列是編碼蛋白名稱 #!/usr/bin/perl my $list_file="11111111.txt"; # 輸入文件1 my $tb_file="nr.txt"; # 輸入文件2 my ($ll,%gi1,@f); open INCLUDE, ">include.txt" || die "Can't open include.txt"; open TMP, $list_file || die "Can't open $list_file"; while($ll = <TMP>  {@f=split/\|/,$ll; $gi1{$f[1]} = 1; } close(TMP); open(TMP, $tb_file) || die; while($ll = <TMP> {chomp $ll; @f=split/\|/,$ll; if ($gi1{$f[1]}){ print INCLUDE "$f[1]\t$f[4]\n"; } } close TMP; close INCLUDE; |
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4樓2014-10-21 19:40:34
5樓2014-10-21 19:53:36
peterrjp
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6樓2014-10-21 19:55:18
7樓2014-10-21 20:05:06
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大神 結(jié)果不對啊 24417280 unknown [Arabidopsis thaliana] 15234745 UDP-D-glucuronate 4-epimerase 1 [Arabidopsis thaliana]gi 15234486 UDP-D-glucuronate 4-epimerase 5 [Arabidopsis thaliana]gi 15293119 putative nucleotide sugar epimerase [Arabidopsis thaliana] 21536982 nucleotide sugar epimerase, putative [Arabidopsis thaliana] 37781356 nematode resistance-like protein [Solanum tuberosum] 而且數(shù)量也不對 |
8樓2014-10-21 21:12:41
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txt中原數(shù)據(jù)是： gi|571510024|ref|XP_006596207.1| gi|571465848|ref|XP_006583492.1| gi|357514699|ref|XP_003627638.1| gi|657373209|gb|KEH18959.1| gi|357514703|ref|XP_003627640.1| gi|657372565|gb|AET01655.2| gi|571474956|ref|XP_006586404.1| gi|357513781|ref|XP_003627179.1| gi|358344433|ref|XP_003636294.1| gi|357518219|ref|XP_003629398.1| gi|358345567|ref|XP_003636848.1| gi|358343944|ref|XP_003636055.1| gi|358343904|ref|XP_003636035.1| |
9樓2014-10-21 21:16:39
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那個腳本是利用|符號來分割每行數(shù)據(jù)的，對于你的文件2，腳本會取出分割后的第2（gi號）和第5個（蛋白名稱）區(qū)段放進輸出結(jié)果里 如果要正常運行，必須確保這個規(guī)則是適用于每一行。你多貼一些文件2的內(nèi)容出來看看吧（比如那些你認為腳本運行出錯了的行）�；蛘甙褍蓚�文件發(fā)我郵箱caueducn@yeah.net 還有個很重要的規(guī)則是，你要確保文件1的gi號都是唯一的；如果gi號不是唯一，或者在文件2并不包含文件1的全部gi號，那么出來的結(jié)果就會少一些。 |
10樓2014-10-21 21:25:14
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