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[求助]
將糖鏈的PDB生成PSF文件 已有1人參與
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| 我是剛開始接觸用NAMD動力學分析這塊，現(xiàn)在需要把一個糖鏈生成psf文件，可是生成后放到VMD里看有問題，各個殘基斷開了，就是不是一條鏈了，不是只加氫嗎，為什么也多加了氧把鏈拆開了？就是糖生成psf需要注意什么呢？謝謝高手解答我的疑問 |
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你好，我目前也在做nag小分子的動力學，在生成psf遇到了類似的情況，想問一下問題出錯的原因是什么呢 我是用高斯建了一個pdb文件，然后根據(jù)拓撲文件改了pdb為標準格式，但是生成psf總是出錯 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
12樓2018-05-11 13:12:15
gn02530640
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2樓2014-10-25 10:05:59
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?????????????л????????top????????л??????г??? BMA---BMAN MAN---AMAN NAG?????????BGLCNA?????top??????кü?????????塣??????????NAG??????6?????????????????????????5???????????????????????????????????????????? ???????????????????????psf??????????pdb??? |
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歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負責。
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- 附件 2 : tang.pdb
2014-10-27 08:52:06, 274.31 K
2014-10-27 08:52:23, 8.36 K
3樓2014-10-27 08:56:30
gn02530640
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
YAYA_Z: 金幣+5, ★★★很有幫助, 感謝幫助 2014-10-27 14:41:10
YAYA_Z: 金幣+5, ★★★很有幫助, 感謝幫助 2014-10-27 14:41:10
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完成了，請樓主先看一下我做出來的文件是否可行。 壓縮文件中的 tang_mod.pdb 和 top_all36_carb_mod.rtf 是我將原本的 tang.pdb 還有 top_all36_carb.rtf 部分內(nèi)容修改過后的檔案，而 tang_new.pdb 和 tang_new.psf 則是用 psfgen 所生成的檔案。 關于殘基斷開的問題： 在利用 psfgen 生成 psf 文件時，必須注意到，pdb 的 atom name 和 residue name 必須和 top 文件里的定義完全相同。 舉例來說，必須將 pdb 文件中的 BMA 殘基名稱改成 top 文件所定義的 BMAN， 此外，pdb 文件中 NAG 殘基的 C7 C8 N2 O7 這幾個原子在 top 文件中 BGLCNA 的命名分別是 C CT N O， 因此也有必要將 atom name 作修改。 另外，由于 pdb 的 residue name 最長似乎只能用4個字母代表，因此我將top文件 BGLCNA 殘基的名稱改成 BGL，基本上只要注意別跟其他殘基名稱重復就行了。 大致上就這樣  |
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2014-10-27 13:39:50, 72.95 K
4樓2014-10-27 14:13:57
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